Die Lebensader Ägyptens ist der Nil, dessen Quellfluss Kagera im Gebirgsland von Burundi entspringt und auf etwa 1.550 km Länge Ägypten von Süden nach Norden durchfließt, bevor er durch das 24.000 km² große Nildelta in das Mittelmeer mündet. Abgesehen von einigen Oasen und kleinen Häfen an den Küsten bieten allein sein Wasser und seine fruchtbaren Uferregionen die Grundlage für Anbau und Besiedlung. Diese Fläche macht etwa fünf Prozent des Territoriums aus. Das Staatsgebiet lässt sich in sieben naturräumliche Einheiten untergliedern:
Im äußersten Süden liegt der zu Nubien und Oberägypten zählende Abschnitt des Niltals zwischen Abu Simbel und Assuan, der heute vom Nassersee eingenommen wird. Im weiteren Verlauf hat sich der Nil kastenförmig in die Kalksteintafel der Wüste eingeschnitten. Vom Austritt des Flusses aus dem Nassersee bis nach Kairo bildet das Niltal eine bis zu 25 km breite, fruchtbare Fluss-Oase.
In Unterägypten, nördlich von Kairo, gabelt sich der Nil in zwei Hauptmündungsarme zwischen Rosette und Damiette und bildet eine rund 23.000 km² umfassende, intensiv bewirtschaftete Deltalandschaft aus abgelagertem Nilschlamm, durchzogen von zahllosen kleineren Mündungsarmen, Kanälen und Bewässerungsanlagen.
Die westlich des Nils gelegene Libysche Wüste nimmt als weites, flaches Schichttafelland rund zwei Drittel der ägyptischen Staatsfläche ein. In ihrem Norden liegt das relativ niedrige Libysche Plateau, das in Ägypten bis zu 241 m Höhe erreicht. Südöstlich davon senkt sich das Gelände in der von Salzsümpfen erfüllten Kattarasenke auf bis zu 133 m unter dem Niveau des Meeresspiegels ab, im Südwesten steigt die Wüste bis auf 1.098 m an. Im übrigen unterbrechen nur einzelne Becken und Niederungen mit den Oasen von Siwa, Bahariyya, Farafra, Dachla und Charga die von Norden nach Süden rund 1.000 km lange eintönige Sand- und Dünenlandschaft. Rund 100 km südwestlich von Kairo befindet sich das 1.827 km² große Fayyum-Becken, eine beckenartige Oasenlandschaft, in deren Nordteil sich der 230 km² große Qarun-See befindet.
Im Gegensatz dazu wird die östlich des Nils gelegene Arabische Wüste von einem durch Wadis stark zerfurchten Gebirgszug beherrscht, der im Mittelabschnitt mehr als 2.000 m Höhe erreicht. Die Arabische Wüste ist der westliche Abschnitt einer Aufwölbungszone, deren zentraler Teil im Tertiär eingebrochen ist und heute den über 1.000 m tiefen Graben des Roten Meeres bildet. Dieser wiederum ist ein Teilstück des Syrisch-Afrikanischen Grabenbruchsystems.
Auf der Sinai-Halbinsel findet die Aufwölbungszone ihre Fortsetzung. Hier erhebt sich mit dem Jabal Katrina (Katharinenberg) (2.637 m) der höchste Berg Ägyptens. Der Golf von Sues und der Golf von Aqaba umklammern die Halbinsel von Süden her. Durch den 161 km langen Sueskanal besteht eine Verbindung zwischen Rotem Meer und Mittelmeer.
Vom Nildelta abgesehen, säumen meist flache Dünen die ägyptische Mittelmeerküste. Dagegen sind die Küstenbereiche am Roten Meer schroffer - die Gebirgszüge reichen häufig bis nahe an das Meer heran. Aufgrund der hohen Wassertemperatur sind hier vielfach Korallenriffe vorgelagert.