Die natürliche Vegetation ist wegen der unzureichenden Niederschläge wie auch der intensiven agrarischen Nutzung des Niltals stark eingeschränkt. Die Wüste ist fast völlig vegetationslos, vereinzelt wachsen Tamarisken, Akazien und Dornsträucher, in der Wüstensteppe auch Hartgräser; entlang dem Nilufer gruppieren sich Nilakazien, Dattelpalmen, Maulbeerfeigen und Johannisbrotbäume sowie eingeführte Kasuarinen. Typisch für das Nildelta sind Lotusbäume, Bambusrohr und Schilfgewächse; die im Altertum hier kultivierten Papyrusstauden gibt es kaum noch.
Die Fauna Ägyptens ist reich an Wasservögeln im Deltabereich und am Nil (v. a. Reiher, Kraniche und Nilgänse); während der Wintermonate gesellen sich viele europäische Zugvögel hinzu. An Raub- und Aasvögeln sind Milane, Lämmergeier und Habichte heimisch. Zu den größeren Säugetierarten des Landes gehören - neben den domestizierten Kamelen, Eseln, Schafen und Ziegen - Schakale, Hyänen, Feneks, Wildkatzen und - in den Gebirgsregionen - Steinböcke. Die Wüste wird von Hasen, Springmäusen, mehreren Eidechsenarten, Skorpionen belebt. In den ländlichen Gebieten am Nil kommt die Ägyptische Kobra vor; am Nassersee leben noch einige Krokodile. Im Nil und in den Seen an der Deltaküste gibt es mehr als 190 verschiedene Fischarten.