Ägypten ist der Verfassung nach ein islamischer Staat und der Islam ist Staatsreligion. Die Scharia ist die Hauptquelle der Gesetzgebung. Neben der sunnitischen Mehrheit (ca. 90 %) findet man jedoch in Kairo und Alexandria, aber auch in Mittel- und Oberägypten Kopten (ca. 8 - 10 %) und andere christliche Minderheiten, die nicht selten in überwiegend christlichen Dörfern leben. Eine amtliche Zählung der Christen wird bewusst nicht durchgeführt, obwohl die Religion im Pass eingetragen sein muss. Daneben gibt es auch noch jüdische Gemeinden im Land. Die staatlichen und kirchlichen Zahlenangaben differieren stark.[2]
Besonders in Oberägypten sind die als christliche Minderheit oft benachteiligten Kopten Ziel von Terror und Schutzgelderpressungen radikaler Muslime geworden, häufig mit Wissen und Billigung der lokalen Behörden. Muslime, die zum Christentum übertreten, müssen mit staatlichen Zwangsmaßnahmen rechnen. Neue koptische Kirchen dürfen nicht gebaut werden, auch kleinere Reparaturen bedürfen eines Präsidialerlasses. Nachdem es bereits im Oktober 2005 in Alexandria vor einer Kirche zu gewaltsamen Auseinandersetzungen zwischen Muslimen und Kopten gekommen war, bei denen drei Menschen den Tod fanden, wurde bei einem offenbar koordinierten Angriff islamischer Extremisten auf koptische Gottesdienste am 14. April 2006 ein Mann christlichen Glaubens getötet, 16 weitere wurden verletzt. Während des Trauerzuges für den Toten am folgenden Tag gingen Hunderte von Muslimen und Christen mit Schlagstöcken aufeinander los; 43 Menschen wurden verletzt und über 100 festgenommen.
Einerseits ist die Auslegung des Islams in Ägypten meist modern und fortschrittlich, insbesondere durch die in der muslimischen Welt führende Al-Azhar-Universität. Andererseits ist Ägypten seit Jahrzehnten (neben Saudi-Arabien) auch ein Zentrum des islamischen Fundamentalismus. So ist die Muslimbruderschaft dort aktiv und in bin Ladens Terrorgruppe al-Qaida fanden sich schon zu Zeiten des 11. September 2001 ungewöhnlich viele Ägypter in Führungspositionen. Teils stehen sie bis heute mit an der Spitze. Dass sie ihre einheimischen Wurzeln gekappt haben, ist nicht sehr wahrscheinlich. Die fundamentalistische Szene sieht Gewalt gegen Westler, wie etwa in Dahab im April 2006, als Bestandteil eines gerechten Kampfes gegen ein ungerechtes System, einen gottlosen Staat und eine westlich-jüdische Verschwörung gegen den Islam an.