Äquatorialguinea bedeckt eine Fläche von insgesamt 28.051 km² und ist damit etwas kleiner als Brandenburg und etwas mehr als halb so groß wie die Schweiz. Davon entfallen rund 26.000 km² auf den Festlandsteil Mbini. Zudem gehören verschiedene Inseln zum Staatsgebiet, die größte davon ist mit 2.017 km² Bioko, das bis 1973 unter den Namen Santa Isabel und Fernando Poo bekannt war und dann eine Zeit lang Macias Nguema Byogo (nach dem damaligen Präsidenten Francisco Macías Nguema) hieß. Auf Bioko liegt auch Malabo, die Hauptstadt des Landes.
Die Insel beherbergt etwa 20 Prozent der Bevölkerung des Landes. Rund 300 km südwestlich von Mbini liegt die Insel Annobón. Bioko und Annobón entstanden durch einen vulkanischen Hot-Spot, der auch die Inseln São Tomé und Príncipe sowie den Kamerunberg hervorbrachte. Auch die Inseln Corisco, Elobey Grande und Elobey Chico gehören zu Äquatorialguinea. Das Land wird von feuchtheißem tropischen Regenwaldklima dominiert.