Die US-Regierung vermutete, dass der aus Saudi-Arabien stammende Osama bin Laden und Teile des Terrornetzwerkes al-Qaida sich in Afghanistan aufhielten, denen sie die Drahtzieherschaft an den Terroranschlägen des 11. Septembers 2001 zur Last legen. Daraufhin führten die USA im Oktober 2001 eine Invasion Afghanistans mit Hilfe einer Allianz unter ihrer Führung durch. Die US-Regierung nutzte zur Legitimierung dieser Invasion einen Entschluss des UN-Sicherheitsrats, der ihnen das Recht auf Selbstverteidigung zusprach. Infolge dieser Invasion gelang es, die herrschenden Taliban zu stürzen, hierbei stellte die Nordallianz den Großteil der Bodentruppen. Jedoch gelang es seit der Invasion nicht, Osama bin Laden zu fassen.
Im Dezember 2001 trafen sich Führer der ehemaligen Mudschaddin sowie afghanischer Exilgruppen auf der Petersberger Konferenz in Bonn, wo sie sich auf das sogenannte Petersberger Abkommen einigten, das einen Stufenplan zur Demokratisierung des Landes sowie die Bildung einer provisorischen Regierung mit dem paschtunischen Stammesführer Hamid Karsai als Vorsitzenden vorsah. Insbesondere Mitglieder der siegreichen Nordallianz übernahmen Schlüsselpositionen in der neuen Regierung. Außerdem wurde um die Stationierung einer einem Mandat der Vereinten Nationen unterstellten internationalen Truppe ersucht, um die Sicherheit der provisorischen Regierung zu gewährleisten. Diese Aufgabe übernahm die internationale Afghanistan-Schutztruppe ISAF.
Die provisorische Regierung wurde 2003 abgelöst durch eine von einer landesweiten außerordentlichen Loya Dschirga bestimmten Übergangsregierung, wiederum mit Karzai als Übergangspräsidenten an der Spitze. Ende 2003 wurde eine verfassungsgebende Loya Dschirga einberufen, die die neue afghanische Verfassung im Januar 2004 ratifizierte. Die am 9. Oktober 2004 stattgefundenen Präsidentschaftswahlen bestätigten Karsai als nunmehr demokratisch legitimierten Präsidenten. Den Abschluss des im Petersberger Abkommen vorgesehenen Demokratisierungsprozesses markierten die Parlamentswahlen im September 2005, aus denen sich das erste frei gewählte afghanische Parlament seit 1973 konstituierte. Diese Wahlen sollten ursprünglich im Juni 2004 stattfinden, mussten aber aufgrund von Verzögerungen bei der Wahlregistrierung mehrmals verschoben werden.
Die Zerstrittenheit innerhalb der Nordallianz nahm bis 2002 zu, landesweit kam es zu ethnischen und sprachlichen Verfolgungen. Der dominierenden Stellung der Nordallianz innerhalb der Regierung tat dies allerdings keinen Abbruch. Die Rivalitäten zwischen den Stämmen und Völkern nahmen weiter zu und gefährdeten den Frieden weiter.
Von den im Krieg ins Ausland geflüchteten Menschen sind bis Mitte 2006 nach Angaben der UNHCR über 4 Millionen zurückgekehrt.[3]
Die Sicherheitslage des Landes ist immer noch kritisch und hat sich insbesondere seit Ende 2005 wieder verschlechtert. Bombenanschläge und Selbstmordattentate, die vorher in Afghanistan völlig unbekannt waren, auf nichtmilitärische Ziele nahmen stark zu. So explodierte die Zahl der versuchten und durchgeführten Selbstmordanschläge von 3 im Jahr 2003 auf 106 im Jahr 2006, zu denen sich meist die Taliban bekannten. [4] Im Süden und Osten von Afghanistan existieren Gebiete, die von ausländischen Hilfsorganisationen und auch ISAF-Truppen gemieden werden.