Die Hauptinsel Bahrain (578 km²), ein 30 bis 60 m hohes Kalkplateau, ist überwiegend von Sanddünen bedeckt. Im Zentrum der Insel erhebt sich der Dschabal ad-Duchan (135 m). Im Süden und Südwesten erstrecken sich Sandflächen und Salzsümpfe. Nur der nördliche Küstenbereich ist durch artesische Brunnen und Karstquellen landwirtschaftlich nutzbar. Weitere große Inseln sind Muharraq, Sitra, Hawar und Umm Nasan. Diese Inseln sind meist felsig und ragen kaum über den Meeresspiegel hinaus. Bahrain hat feuchtwarmes subtropisches Klima mit hoher Luftfeuchtigkeit. Überwiegend weht ein feuchtheißer Wind aus Nordwesten (Shamal), mitunter auch trockenheißer Südwind (Qaws) aus der Großen Arabischen Wüste. Die Monatsmitteltemperaturen liegen zwischen 17° C (Januar) und 33,5° C (Juli), die Niederschläge betragen nur 70 mm. Auf der Hauptinsel herrscht bis auf die landwirtschaftliche Zone Wüstenvegetation vor. Die artenarme Tierwelt besteht hauptsächlich aus Eidechsen, Wüstenspringmäusen und Mangusten. Gazellen und Hasen sind nahezu ausgerottet. Bahrains Waldfläche weist weltweit den größten prozentualen Zuwachs auf, und zwar um 14,9 % zwischen 1990 und 2000.