Bhutan liegt in Südasien und grenzt im Süden an die indischen Bundesstaaten Sikkim, Westbengalen, Assam und Arunachal Pradesh (von Westen nach Osten), sowie im Norden an Tibet (China). Die Oberflächengestalt Bhutans ist vom Himalaya geprägt. Über 80 Prozent des Landes liegen über 2.000 Meter Höhe.
Das Land gliedert sich in drei Landschaften. Im Süden, an der indischen Grenze, verläuft die Duar-Ebene, eine schmale Niederung, die zu den Ausläufern des Ganges-Brahmaputra-Tieflandes gehört. Nördlich davon steigt das Land steil an. Die 2.000 bis 3.000 Meter hohen Berge des Vorderhimalaya sind das Hauptsiedlungsgebiet. An der Grenze zu China liegt die Hochgebirgsregion Lunana. Höchster Berg des Landes ist der Kula Kangri mit 7.553 Meter. Der 7.541 Meter hohe Gangkhar Puensum ist der weltweit höchste Berg, der noch nie von einem Menschen bestiegen wurde. Mehr als zwei Drittel des Königreiches sind bewaldet.