Über die Geschichte der ursprünglichen Bewohner des Landes, die Thepu, liegen keine schriftlichen Aufzeichnungen vor. Belegt ist, dass im 8. Jahrhundert n. Chr. indische Missionare den Buddhismus in das damals hinduistische Feudalfürstentum brachten, das im folgenden Jahrhundert unter tibetische Herrschaft geriet. Die indisch-hinduistischen Einflüsse wurden gewaltsam beseitigt und der Buddhismus in Gestalt des tibetischen Lamaismus im 12. Jahrhundert zur Staatsreligion erklärt. Damals entstanden viele Klöster, die zu Stützen der feudalen Gesellschaft wurden. Aus der Mischung von Thepu und Tibetern entwickelte sich das Volk der Bhotija.
(1616-1651) Shabdung Nawang Namgyal, dessen Anerkennung als Wiedergeburt des Pema Karpo von dem Tsang Desi abgelehnt wurde und daher nach Bhutan flüchten musste, gelang während seiner Herrschaft ab 1616 die Einigung der bis dahin unabhängigen Fürstentümer des Landes zu einem theokratischen Reich. Der in Tibet geborene religiöse Würdenträger wird als der Gründer des Staates und als Stifter bhutanischer Identität angesehen. Mit seinen kulturellen Errungenschaften - er gliederte alle Regionen des Landes in ein schriftlich verwaltetes Reich - legte er den Grundstein zur heutigen bhutanischen Gesellschaft. Der Staat erhielt den bis heute gültigen Namen Druk Yul (Land der Drachen). Nach seinem Tod 1651 geriet das Land in Anarchie, wehrte sich jedoch erfolgreich 1710 und 1730 gegen Angriffe durch die verbundenen tibetisch-mongloische Truppen. Die Staatsgewalt wurde formell zwischen einem geistlichen Oberhaupt (Dharma Raja) und einem weltlichen Oberhaupt (Deb Raja) geteilt, praktisch lag sie aber in den Händen der Priester (Lamas). Diese stellten die Statthalter (Pönlops), die die Steuern und Abgaben von den Bauern eintrieben und die Gerichtsbarkeit ausübten. Zwischen den feudalen Machtgruppen kam es immer wieder zu Kämpfen, in die sich von Tibet aus sowohl der Dalai Lama als auch der Panchen Lama einmischten.
1772 begann der fast hundertjährige Grenzkonflikt mit der britischen Ostindien-Kompanie. Nach der Eroberung Assams im Jahre 1826 erstrebte die britische Kolonialmacht die direkte Kontrolle der Grenzpässe und okkupierte 1864 und 1865 (Vertrag von Sinchula) den Bezirk Dewangiri und andere Gebiete Bhutans. Mit britischer Unterstützung riss 1895 der Statthalter Ugyen Wangchuk die Herrschaft an sich. 1907 wurde er in Punakha zum König gewählt und führte die erbliche Maharajawürde ein (Wangchuk-Dynastie). Im Vertrag von 1910 erkannte Großbritannien formell die Unabhängigkeit Bhutans an, behielt sich aber die Kontrolle der Außenpolitik vor.
Am 8. August 1949 schloss Bhutan mit Indien einen Freundschaftsvertrag, demzufolge Indien die außenpolitischen Beziehungen Bhutans wahrnimmt und Wirtschaftshilfe (Bau von Straßen und Kraftwerken) leistet. Ein indischer politischer Resident hatte seinen Sitz in Gangtok (Sikkim). Gegen die gemäßigten Reformen des Königs Jigme Dorje Wangchuk (Regierungszeit 1952-1972) und dessen Anlehnung an Indien richtete sich eine von Offizieren und Beamten geführte Verschwörung (5. April 1964 Ermordung des Ministerpräsidenten Jigme Dorji; 1. August 1965 Attentat auf den König).
Im November 1964 übernahm der König die gesamte Staatsgewalt. Das 1953 geschaffene Parlament (Tsongdu) erhielt 1968, als Bhutan konstitutionelle Monarchie wurde, gewisse Gesetzgebungsrechte. Der königliche Rat und der Ministerrat bilden die Exekutive. Politische Parteien sind verboten. Unter König Jigme Dorje Wangchuk wurden die Privilegien der Lamas eingeschränkt und Maßnahmen zum Abbau der feudalen Verhältnisse eingeleitet (Abschaffung der Leibeigenschaft, Vorbereitung einer Bodenreform zur Beschränkung des Großgrundbesitzes auf 120 Hektar, Beginn staatlicher Fünfjahrpläne, Entwicklung des Bildungswesens, Verleihung des Bürgerrechts an den nepalesischen Bevölkerungsteil). Am 12. Februar 1971 erlangte Bhutan die völkerrechtliche Anerkennung (Aufnahme in die UNO), der de facto schon zuvor bestehenden Eigenstaatlichkeit.
Nach dem Tode Jigme Dorje Wangchuks wurde Kronprinz Jigme Singye Wangchuk im Jahre 1972 zum neuen König ausgerufen (offizielle Krönung am 2. Juni 1974). Die Krönungsfeiern wurden durch ein Attentat auf den König durch Exil-Tibeter überschattet. 1981 erfolgte die Ausweisung tibetischer Flüchtlinge, die eine Annahme der bhutanischen Staatsbürgerschaft ablehnten.
Politischer Widerstand gegen ein im Jahre 1985 eingeführtes Staatsbürgerschaftsgesetz war 1990 der Grund für die Unruhen und die Vertreibung von mehr als 100.000 nepalesischen Bhutanern (Lhotsampas) aus Südbhutan nach Nepal. Im August 1998 beschränkte König Jigme Singye Wangchuck gegen den Willen des Parlaments seine eigene Macht und unterstellte sich der Autorität des Parlaments.
Für 2008 hat der König die Einführung einer Verfassung verkündet, die Bhutan zu einer demokratisch-konstitutionellen Monarchie machen soll. Ab dann werden sich im Land politische Parteien konstituieren dürfen und das Land wird von gewählten Volksvertretern regiert werden. Der König selbst hat angekündigt, mit Einführung der Verfassung zurückzutreten. Zukünftig sollen alle Könige an ihrem 65. Geburtstag die Krone an den Thronfolger abgeben.
In einer am 16. Dezember 2006 auf der Website der staatseigenen Zeitung «Kuensel» veröffentlichten Erklärung hieß es jedoch überraschend, der bisherige Kronprinz übernehme ab jetzt die Verantwortung als Staatsoberhaupt. Warum der 51jährige Monarch den Machtwechsel in dem abgelegenen Himalajastaat so plötzlich vorzog, blieb zunächst unklar; ebenso wenig wurde über den Zeitpunkt der Thronbesteigung seines 26-jährigen Sohnes bekannt.