Die Flora Bosnien und Herzegowinas ist einzigartig. Viele bedrohte Pflanzenarten finden in den Hochgebirgen einen Lebensraum. Im Sutjeska Nationalpark befindet sich der Perucica-Urwald, der größte, der noch in Europa erhalten ist. Im Bereich des dinarischen Gebirges gilt eine Höhe von 500 bis 1000 Metern als Niedrigzone. In diesem Bereich sind Eichen- und Buchenbewaldung typisch. Auch Eichengewächse aind typisch für die Balkanstaaten, wie z.B. die Traubeneiche die bis zu 800 Jahre alt werden kann trifft man in bosnischen Laubmischwäldern häufig an. In der Höhe von 1500 Metern kommt eine Buchen, Fichten, Tannen- und Kieferbewaldung vor. Ein Baum der in fast allen Gebirgen Bosnien und Herzegowinas vorkommt, ist der gewöhnliche Kiefer dessen Ursprung der Südosten Bosnien und Herzegowinas ist. Eine Mischung aller dieser Baumarten findet man vor, wenn bewaldete Bereiche schon in niedriger Höhe beginnen und sich nach oben fortsetzen. In diesem Falle spricht man von einem illyrischen Floragebiet. Man kann in allen Bereichen der Hochzone Gebirgsgewächse wie beispielsweise Windröschen, Thymian und Katzenkraut antreffen. Sie sind auf allen Bergen des Landes zui finden, sowie die klassische Alpenflora. Eine Besonderheit sind die durch Höhleneinbrüche entstandenen Dolinen. Auf den großen Flächen der Dolinen findet man typische Pflanzen einer kälteren Gebirgslandschaft, während auf den Rändern mittelmeertypische Pflanzen wachsen. Ein gutes Beispiel für die Flora des Landes ist der Berg Bjelašnica. Man trifft am Fuße des Berges verschiedene Laubbaumarten wie Eichen, Wintereichen, Weißdorn und Schwarzbuchen an. In den höheren Regionen trifft man einen Mischwald mit Buchen-und Tannenbäumen an. Der Walnußbaum ist in Südosteuropa heimisch und in der Niedrigzone weit verbreitet. Die Hochgebirge weisen überwiegend Wacholder auf, welcher außerordentlich wiederstandsfähig gegen Kälte ist. Im Frühling kann man eine große Zahl an Blumen beobachten. Typische Vertreter sind Veilchen, Enzian, Narzissen, Kamille, Bärlauch, duftende Schlüsselblumen, Natternköpfe und Stiefmütterchen. Viele bereits weiträumig ausgestorbenen Blumen haben sich in Bosnien und Herzegowina eingebürgert, wie z.B. die Orchideengewächse am Prokoškosee. Manche kalkhaltige Böden bieten ideale Bedingungen für Orchideengewächse wie z.B. für das rote Waldvöglein oder die Berghyazinthe. Wegen des warmen Klimas wachsen auch Liliengewächse in dieser Region. Zum Beispiel die Tulipa Biflora ist von Kroatien bis Albanien verbreitet oder die Tulipa Orphanidea welche eine Seltenheit ist und von der unberührten Natur profitiert.