Bis Ende 2005 lag die Verteidigungspolitik bei den beiden Entitäten, also bei der Föderation von Bosnien und Herzegowina und bei der Serbischen Republik. Seit 2006 unterstehen die Streitkräfte der Staatspräsidentschaft und dem 2004 geschaffenen Verteidigungsministerium der Staatsebene. Die Truppen bestehen aus einer bosniakischen, einer serbischen und einer kroatischen Komponente. Die künftige gemeinsame bosnisch-herzegowische Armee soll aus bis zu 10.000 aktiven Berufssoldaten und einer etwa halb so starken "aktiven Reserve" bestehen. Die allgemeine Wehrpflicht wurde am 1. Januar 2006 aufgehoben. Angestrebt wird die Integration der Streitkräfte in europäische und euroatlantische Strukturen und die Beteiligung an UN-Einsätzen.