Die bosnisch-herzegowinische Bahn wurde durch den Krieg arg beeinträchtigt; seit einigen Jahren gibt es eine Bahnverbindung von Zagreb nach Sarajevo. Es gibt zwei Bahngesellschaften: einerseits die Bahngesellschaft der Föderation Bosnien und Herzegowina (Željeznice Federacije Bosne i Hercegovine) und andererseits die der Republika Srpska (Željeznice Republike Srpske). Es gibt grundsätzlich drei Bahnstrecken: "Unska", im Unatal verlaufende Strecke zwischen der Stadt Sisak und der Stadt Split und deren Adriahafen, über Bosanski Novi, Bihać und Knin. Die zweite verbindet den Hafen in Ploče mit den Eisenbahnen in Ostkroatien, zwischen Slavonski Brod und Vinkovci, über Mostar, Sarajevo und Doboj verlaufend. Die dritte Strecke verbindet die vorhergehenden zwei mit Anfang in Bosanski Novi, über Banjaluka und Doboj, mit einem Ausläufer, der bis nach Tuzla und Brčko reicht. Daneben gibt es eine Reihe von Werks- und Minenbahnen, die zum Teil noch mit Dampf betrieben werden.
Alle der noch von der k.u.k.-Monarchie errichteten Schmalspurstrecken ("Bosnische Schmalspur") wurden schon um 1970 aufgelassen und größtenteils abgebaut. Ausnahme ist die Werksbahn der Kohlenmine Banovici - hier stehen 2006 sogar noch schmalspurige Dampflokomotiven im gelegentlichen Einsatz.
Im Jahr 2005 wurde ein Erneuerungsprogramm beschlossen, unter anderem sollen die spanischen Talgo-Schnellzüge sowie eine größere Anzahl von Güterwaggons beschafft werden.