Zum brasilianischen Hoheitsgebiet gehören auch einige Inseln im Atlantischen Ozean. Die etwa 800 km vor der brasilianischen Küste gelegenen Sankt-Peter-und-Sankt-Pauls-Felsen, die nur mit einem Leuchtturm bebaut sind, gehören genauso zum Land wie die ehemalige Sträflingskolonie Fernando de Noronha, die nicht weit von der Felsgruppe entfernt ist. Beide liegen auf dem mittelatlantischen Rücken. Vulkanischen Ursprungs sind die Inseln Trindade und Martim Vaz, die zum Bundesstaat Espírito Santo gehören. Das ovalförmige Atoll das Rocas erstreckt sich über mehrere Kilometer und wurde aufgrund der außergewöhnlichen Tier- und Pflanzenwelt als Weltnaturerbe aufgenommen.
Die größte Insel Brasiliens aber liegt im Amazonas: Marajó ist etwa 48.000 km² groß (größer als die Schweiz), da aber große Teile in der Regenzeit überschwemmt sind, ist die Insel nur an einigen Orten besiedelt. Auch die Bananalinsel gehört mit ihrer Fläche (20.000 km²) zu den größten Flussinseln der Welt. Sie liegt in einem Nationalpark im Bundesstaat Tocantins im Rio Araguaia und ist immer noch größer als beispielsweise Jamaika.