1840, also noch vor seiner Volljährigkeit, wurde Pedro II. zum Kaiser gekrönt. 1864 erklärt Paraguay Brasilien den Krieg. Nach fünf Jahren besiegten Brasilien, Uruguay und Argentinien die Truppen Paraguays im blutigsten Krieg der lateinamerikanischen Geschichte. Obwohl die Kriegsjahre dem Land zusetzten, erlebte Brasilien aufgrund des Kautschukbooms eine gute wirtschaftliche Entwicklung. Brasilien besaß das Monopol auf Kautschuk und konnte deshalb durch dessen Export große Einnahmen erzielen.
Die Sklaverei wurde 1888 von Pedro II. offiziell abgeschafft. Obwohl Sklaverei bereits seit 1853 geächtet wurde, führte das Verbot zu Aufständen von Großgrundbesitzern und der Armee. In der Folge putschte sich das Militär an die Macht, woraufhin der Kaiser am 15. November 1889 ins Pariser Exil und den Weg für die erste Republik freimachte.