Der tropische Regenwald im Amazonasgebiet ist der größte unberührte Wald der Welt. Doch neue Straßen, zum Beispiel die Transamazônica und die Perimetral Norte, zerstören diese Unberührtheit. Experten warnen schon jetzt, dass bis 2020 alleine wegen Straßen- und Dammprojekten nur noch 28 % des Waldgebiets unberührt seien. Teilweise entstanden die Schäden auch im Zusammenhang mit den Goldgräbern Brasiliens, den so genannten garimpeiros. Zum Auswaschen des Goldes verwendeten sie Quecksilber in verhältnismäßig hohen Mengen. Diese gelangten schließlich in die Böden bzw. das Grundwasser und führten zu einer Verseuchung des Amazonasgebiets. Durch Straßen erschlossene Gebiete des Regenwaldes werden oft abgeholzt und gerodet, um Platz für Landwirtschaft zu schaffen. Die größte Gefahr ist die profitbringende Holzgewinnung. In Brasilien gibt es rund 2.500 Unternehmen, die mit tropischem Hartholz handeln. Die meisten von ihnen sind aber ausländische Großunternehmen. Zwar ist Mahagoni mittlerweile gesetzlich geschützt, illegal geht der Handel aber weiter. Selbst Behörden schätzen, dass 80 % des gewonnenen Holzes Mahagoni ist.
Da Regenwaldboden nährstoffarm ist, ist er auf die Wiederverwertung der Mineralstoffe im Laub angewiesen. Bei solch feuchtem Klima zersetzen Mikroorganismen das Laub in recht kurzer Zeit. Wenn aber kein Wald und damit auch kein Laub mehr auf dem Boden liegen, trocknet er aus und es kommt zu Erosion. Sind die gerodeten Flächen nun größer, kann sich der Wald dort nicht regenerieren. Bäume binden Kohlendioxid, das den Treibhauseffekt auslöst. So sind an den Treibhausabgasausstößen des Landes Brandrodungen mit 75 % beteiligt, während die Verbrennung fossiler Brennstoffe nicht einmal ein Viertel ausmachen. Im Amazonasgebiet leben viele Tier- und Pflanzenarten. Diese Arten können ohne Regenwald nicht überleben. Aber alleine von August 2003 bis August 2004 wurden in Brasilien 26.130 km² Regenwald vernichtet. Das entspricht fast der Fläche Brandenburgs. Die Behörden zum Schutz des Regenwaldes haben unter Geld- und Personalmangel, sowie Korruption zu kämpfen. Dennoch konnte 2002 das weltweit größte Schutzgebiet eines tropischen Regenwalds im Norden Brasiliens gegründet werden.
Ein weiteres Umweltproblem ist der Bauxit-Tagebau, der die Flüsse verschmutzt und die indigene Bevölkerung gefährdet. 2000 erlitt zum Beispiel der Fluss Iguaçu eine Ölpest. Ein Jahr später sank vor der brasilianischen Küste die größte Ölplattform der Welt und bedrohte das dortige Ökosystem. In den Städten hat man mit Luftverschmutzung und Abwasserproblemen zu kämpfen.
In Brasilien wird dem Kraftstoff eine gewisse Menge Alkohol beigemischt. Neben umwelttechnischen Gründen (Reduzierung der Schadstoffemissionen) ist dafür hauptsächlich der Kostenfaktor verantwortlich: Ethanol ist bis zu zweimal billiger als Automobil- und bis zu viermal billiger als Flugbenzin. Der Anteil an Ethanol im Benzin ist gesetzlich geregelt und wurde 2006 von ehemals 25% auf 20% gesenkt. In Brasilien ist es möglich mit Autos zu fahren, die einen Ethanol-, Benzin- oder einen Flex-Fuel-Motor besitzen. Das dreimillionste Flex-Fuel-Auto wurde im Dezember 2005 verkauft und auch die ersten Flugzeuge fliegen mit Ethanol, was die Luftverschmutzung insgesamt reduziert. Das erste mit Alkohol betriebene Flugzeug der Welt, die EMB-202 Ipanema, wurde 2002 von Embraer in Brasilien gebaut. Brasilien ist der viertgrößte Auto- und mit 12000 Flugzeugen der zweitgrößte Flugzeug-Konsument der Welt.
Brasilien hat sich an diesen Umweltabkommen beteiligt: Ramsar-Konvention (1971), Washingtoner Artenschutzübereinkommen CITES (1973), Konvention über die biologische Vielfalt (1992), Basler Konvention (1989), Rahmenübereinkommen über Stoffe, die zum Abbau der Ozonschicht führen (1992), Kyoto-Protokoll (1991).