Das Klima ist tropisch-wechselfeucht mit einer Regenzeit von Mai bis September und einer Trockenzeit, in der der heiße Wüstenwind Harmattan Staub in Richtung Süden bläst. Das Land hat Anteil an den Klimazonen Sahel, Sudan-Sahel und Sudan-Guinea.
Zum größten Teil ist das Land von Trockensavanne mit spärlichem Baumwuchs bedeckt. An den Flussufern finden sich in dieser Zone häufig Galeriewälder. Im Südwesten wird die Vegetation im Übergang zu den Feuchtsavannen deutlich dichter, in den Dornstrauchsavannen des Nordens dagegen immer spärlicher und fehlt in den Halbwüsten des Sahel zum Teil fast völlig.
Während die sahelischen Savannen hauptsächlich von Akazien, insbesondere von der Schirmakazie, geprägt sind, sind Flügelsamengewächse das dominierende Element der sudanischen Savannen. Die Krautschicht besteht nach Arten und Abundanz zu einem großen Teil aus Gräsern, wobei der Anteil hoher und ausdauernder Arten zum Süden hin zunimmt.
Der seit etwa 30 Jahren in Burkina Faso zu beobachtende Klimawandel, der sich in sinkenden Niederschlagswerten und höheren Temperaturen ausdrückt, sowie die von Landwirten zur Erschließung von Ackerland entfachten Buschfeuer, Abholzung sowie Erschöpfung der Böden sind Gründe für eine wachsende Desertifikation, ausgehend vom sahelischen Norden des Landes. Häufige Dürren oder heftige Regenfälle verhindern regelmäßige Ernten und zerstören sie. Durch ein geringes Produktivitäts- und Ausbildungsniveau werden anspruchsvolle Arbeitsnehmer behindert. Der hohen HIV-Infektionsrate fallen viele zum Opfer, die ihr Wissen so nicht an künftige Generationen weitergeben können. Zudem fehlen dem Land die technischen Mittel und das Know-How, um eine stabile Landwirtschaft aufzubauen. Dies alles trägt zu geringen Ernteerträgen und häufigen Hungersnöten bei. Im Jahre 1984 wurde der Plan national de lutte contre la désértification (PNLD) erstellt, mit dem die noch intakten Naturräume geschützt, die Praxis des Legens von Buschfeuern bekämpft, die Bodenqualität verbessert und Wiederaufforstungsprogramme organisiert werden sollen. Allein in den Jahren 1996 bis 2000 wurden zu diesem Zweck rund 23 Millionen Bäume gepflanzt. Es wurde davon Abstand genommen, reine Eukalyptusplantagen anzulegen, wie in den Sechzigerjahren geschehen, als man relativ schnell Bäume zur Feuerholzgewinnung bekommen wollte.