Durch die zunehmende Bevölkerungsdichte wurde der Lebensraum der typischerweise die Savannen bewohnenden Tiere stark eingeschränkt. Zum Schutz von Elefanten und anderem Großwild wurden Schutzgebiete ausgewiesen. Die bedeutenden Nationalparks des Landes sind der Arli-Nationalpark sowie der W-Nationalpark, in denen das für die Savannen typische Großwild beobachtet werden kann. Diese Reservate sind im Gegensatz zum kleineren Kaboré-Tambi-Nationalpark gut für Touristen erschlossen. Reizvoll sind die Wasserfälle Cascades de Karfiguéla im Südwesten Burkina Fasos und die im Norden gelegenen Sanddünen von Oursi, die die Nähe zur Sahara erkennen lassen.
Neben den Nationalparks bestehen besonders im Südosten und Norden weitere große Schutzgebiete, wie das réserve partielle de la faune du Sahel und das réserve de Pama. Das Mare aux Hippopotames ist ein UNESCO-Biosphärenreservat.
Daneben bestehen zahlreiche forêts classées; kleinere nationale Schutzgebiete, die besonders im Südwesten eine Rolle spielen, wo größere Schutzgebiete fehlen.