Die Armee (Forces armées nationales) (FAN) wurde 1960 gegründet, 1961 wurde die Befehlsgewalt von den französischen auf die obervoltaischen Behörden übertragen.[9] In der Folge übernahm das Militär mehrmals die Macht durch Staatstreiche. In den Achtzigerjahren kam es zum Krieg mit Mali (Malisch-Burkinischer Grenzkrieg).
Die Beziehungen zum Nachbarland Elfenbeinküste, in dem mehrere Millionen Burkiner oder Burkinischstämmige leben, sind infolge des dort herrschenden Bürgerkrieges sehr angespannt. Abidjan beschuldigt Burkina Faso, die Rebellen im Norden des Landes zu unterstützen. Mehrere Hunderttausend Flüchtlinge sind in den vergangenen Jahren vor der Gewalt gegen die Immigranten aus den Sahelländern zurück nach Burkina Faso geflohen. Die Möglichkeit eines Eingreifens der burkinischen Armee wurde nicht ausgeschlossen.
In Folge eines Putschversuchs aus Reihen des Militärs wurde im Jahre 2004 Verteidigungsminister Kouamé Lougé entlassen.
Zum Jahreswechsel 2006/2007 kam es zu Revolten unzufriedener Soldaten, die sich in Ouagadougou Schießereien mit Polizeikräften lieferten, bei denen es zu mehreren Toten auf beiden Seiten sowie zu verletzten Zivilisten kam. Mehrere Hundert Soldaten zogen nachts schießend durch die Stadt und ließen etwa 600 Insassen des Hauptgefängnisses entkommen. Der Unmut der Soldaten hat viele Gründe; das Gefühl der Benachteiligung gegenüber der immer besser ausgestatteten Polizei, schlechte Ausstattung und niedrige Besoldung.[10]
Burkina Faso beteiligt sich an verschiedenen Friedenseinsätzen der UN-Blauhelme.