Aufgrund der besonderen Struktur des Landes gibt es in Chile keine längeren Flüsse. Der längste Fluss ist der Río Loa mit 443 km. Im Norden des Landes verhindert zusätzlich die extreme Trockenheit der Atacama-Wüste das Aufkommen größerer Wasserläufe. Die wenigen Flüsse im großen Norden, die dauerhaft Wasser führen, werden daher aus den Schnee- und Eisflächen der Gipfelregionen der Anden genährt. Gemäß den zunehmenden Niederschlägen nimmt nach Süden hin das mitgeführte Wasservolumen der Flüsse zu. Die Flüsse in Chile spielen wirtschaftlich in erster Linie für die Energiegewinnung und zu kleineren Teilen auch für den Tourismus (Lachsfischerei, Abenteuer-Tourismus) eine größere Rolle. Die wichtigsten Flüsse von Nord nach Süd sind folgende:
Río Lauca, 160 km, I. Region (Región de Tarapacá)
Río Lluta, 167 km, I. Region (Región de Tarapacá)
Río Loa, 443 km, II. Region (Región de Antofagasta)
Río Copiapó, 162 km, III. Region (Región de Atacama)
Río Elquí, 170 km, IV. Region (Región de Coquimbo)
Río Choapa, 160 km, IV. Region (Región de Coquimbo)
Río Aconcagua, 142 km, V. Region (Región de Valparaíso)
Río Maipo, 250 km, Hauptstadt-Region/ V. Region (Región Metropolitana/ Región de Valparaíso)
Río Mapocho, 120 km, Hauptstadt-Region (Región Metropolitana)
Río Cachapoal, 172 km, VI. Region (Región O´Higgins)
Río Maule, 240 km, VII. Region (Región Maule)
Río Biobío, 380 km, VIII. Region (Región del Biobío)
Río Imperial, 52 km, IX. Region (Región de la Araucanía)
Zu den chilenischen Seen zählen im Norden die Salzseen, deren größter und bekanntester der Salar de Atacama (3000 km²) ist. Ganz im Norden liegt einer der höchstgelegenen Seen der Welt der Lago Chungará mit 21,5 km² auf rund 4500 m Höhe.
Die großen und landschaftlich schönsten Seen Chiles erstrecken sich südöstlich der Stadt Temuco bis nach Puerto Montt in folgender Reihenfolge:
Lago Colico, 56 km², IX. Region (Región de la Araucanía)
Lago Caburga, 51 km², IX. Region (Región de la Araucanía)
Lago Villarrica, 176 km², IX. Region (Región de la Araucanía)
Lago Calafquén, 120 km², IX. Region (Región de la Araucanía) und X. Region (Región de los Lagos)
Lago Panguipulli, 116 km², X. Region (Región de los Lagos)
Lago Riñihue, 77 km², X. Region (Región de los Lagos)
Lago Ranco, 401 km², X. Region (Región de los Lagos)
Lago Puyehue, 156 km², X. Region (Región de los Lagos)
Lago Rupanco, 223 km², X. Region (Región de los Lagos)
Lago Llanquihue, 860 km², X. Region (Región de los Lagos)
Im großen Süden liegt der größte chilenische See, der Lago General Carrera (970 km², XI. Region (Aisén)), welcher den westlichen Teil des argentinischen Lago Buenos Aires bildet.