1891 widersetzte sich das Parlament und die Marine dem Präsident José Manuel Balmaceda und es kam zum Bürgerkrieg. In diesem Konflikt starben rund 6000 Menschen. Balmaceda verlor zwei größere Schlachten und beging am 18. September 1891 Selbstmord. Das bis dahin stark präsidiale System wurde durch ein parlamentarisches System ersetzt, bis 1916, als wieder ein präsidiales System eingeführt wurde.