Aufgrund der riesigen Länge von über 4.000 km spielt der Flugverkehr eine wichtige Rolle. Die größten Flughäfen besitzen Santiago de Chile, Puerto Montt, Talcahuano, Temuco, Iquique, Antofagasta und Punta Arenas. Über das ganze Land sind zusätzlich viele kleine Regionalflughäfen verteilt.
Der erste Motorflug in Chile fand am 21. August 1910 statt, der Pilot hieß César Copetta Brosio. Bekannt wurden insbesondere Dagoberto Godoy, der 1918 als erster die Anden überflog und José Luis Sánchez Besa, ein chilenischer Flugbootpionier. Der Beginn der Flugpostbeförderung wurde ab 1. Januar 1919 von Santiago de Chile nach Valparaíso vom Piloten Clodomiro Figueroa mit einer Morane-Saulnier MS-35 durchgeführt.
1929 gründete Kommodore Arturo Merino Benítez mehrere lokale Fluggesellschaften, diese formierten sich ab 1932 zu der heutigen Fluggesellschaft LAN. Sie ist seit 1989 privatisiert und gehört mittlerweile durch eine expansive Geschäftspolitik zu den drei größten und erfolgreichsten Airlines Lateinamerikas, mit Filialen in Peru LAN Peru, Argentinien LAN Argentina, Ecuador LAN Ecuador und der Dominikanischen Republik LAN Dominicana. Die frühere zweite chilenische Fluggesellschaft Ladeco wurde Anfang der 1990er Jahre aufgekauft.