Mit dem nördlichem Teil der Halbinsel Jütlands und seinen Inseln bildet Dänemark den Übergang von Mitteleuropa nach Skandinavien. Trotz der Tatsache, dass der Festlandsanteil fast 30.000 km² beträgt, sehen die Einwohner ihr Land als Inselreich. Die größte Insel des Landes ist Seeland mit etwa 7.000 km², gefolgt von Vendsyssel-Thy (Nordjütland) mit 4.685 km² (welche aber nicht als Insel wahrgenommen wird) und Fünen mit einer Größe von (etwa 3.000 km²). Seeland, in dessen östlichen Teil die Hauptstadt Kopenhagen liegt, wird durch den Großen Belt von der Insel Fünen getrennt, die wiederum durch den Kleinen Belt von Jütland getrennt ist. Die dritte Meeresstraße in der Region ist der Öresund zwischen Seeland und der Südspitze Schwedens.
Die Eiszeiten des Pleistozäns prägten die Landschaften Dänemarks maßgeblich. Überfuhren Elster- und Saale-Kaltzeit die dänische Halbinsel noch komplett unter Ablagerung von Grundmoränenmaterial, so reichte die Weichsel-Kaltzeit vor rund 20.000 Jahren nur bis etwa zur Mitte Dänemarks. Heute lässt sich diese teilweise Vergletscherung Dänemarks noch anhand der Hauptstillstandslinie der verschiedenen Stadiale der Weichsel-Eiszeit nachvollziehen. Diese Stillstandslinie teilt Dänemark in das charakteristische Ost- und Westjütland. In Westjütland dominieren ertragsarme Sanderflächen, in Ostjütland finden sich vorwiegend Grundmoränen- und Geschiebematerial. Die Stillstandslinie verläuft etwa vom Südrand des Limfjords zur Mitte Jütlands und von dort nach Süden bis Schleswig-Holstein. Das Land bildet eine Fortsetzung der Norddeutschen Tiefebene, das ebenfalls aus Ablagerungen aus der Eiszeit besteht. Insbesondere der Westteil Jütlands ist sehr flach, nach Osten wird es hügeliger, Moränen aus der Eiszeit gestalten die Landschaft. Hier liegt auch die höchste natürliche Erhebung Dänemarks, der Møllehøj mit 171 m ü. NN.[2][3] Auch die Inseln sind durch ein Wechselspiel von Hügel- und Flachland geprägt. Einzige Ausnahme ist die weit im Osten liegende Insel Bornholm, welche nicht aus Ablagerungen besteht, sondern aus Granit, Schiefer und Sandstein aufgebaut ist.
Der Verlauf der Nordseeküste Jütlands ist relativ ausgeglichen, die Küste der vorgelagerten Inseln ist sehr viel kleiner als die in der Ostsee. Der Mangel an Buchten und großen Dünenfeldern stehen einem Hafenbau entgegen und so wurde erst im 19. Jahrhundert mit Esbjerg der einzige bedeutende Hafen an der Westküste Dänemarks gebaut. Der Limfjord im Norden des Landes ist nicht, wie der Name es vermuten ließe, ein Fjord, sondern ein etwa 180 km langer Meeresarm, der Jütland fast komplett von Westen nach Osten durchschneidet. Die Ostseeküste Jütlands ist hingegen formenreich. Meeresbuchten, die Förden, reichen weit ins Land hinein; an ihnen liegen einige Hafenstädte, die zu den ältesten Siedlungsplätzen Dänemarks gehören.