Aufgrund von umfassenden Begradigungen folgt kaum einer von Dänemarks Flüssen und Bächen noch seinem natürlichen Lauf. Längster Fluss des Landes ist der Gudenå mit 160 Kilometern, welcher während der letzten Eiszeit durch die Glazialströme entstand. Der Kongeå (deutsch: Königsau) war zwischen 1864 und 1920 Grenzfluss zwischen dem Deutschen Reich und Dänemark. Weitere Flüsse in Dänemark sind der Odense Å, der Vidå und der Skjern Å.
Das Land umfasst zahlreiche kleinere und größere Seen. Der größte See ist der Arresø mit einer Fläche von etwa 40 km², er liegt östlich von Frederiksværk. Zweitgrößter See des Landes ist Stadil Fjord (19 km²) auf Jütland und drittgrößter der Esromsee mit einer Fläche von 17,36 km², er liegt wie auch Arresø teilweise im Gemeinde Hillerød im Region Hovedstaden auf der Insel Seeland.