Auf Grund des überproportional hohen Außenhandelsanteils ist Deutschland in erheblicher Weise auf den Seehandel angewiesen. Es verfügt über eine Anzahl moderner Seehäfen, wickelt aber auch große Anteile seines Handels nach Übersee über die Häfen von Nachbarländern, vor allem der Niederlande, ab. Um künftig wieder größere Anteile in eigenen Häfen umzuschlagen, gibt es derzeit mehrere große Bauprojekte. Dazu gehört der Bau eines vierten Container-Terminals in Bremerhaven, die geplante – und sehr umstrittene – Vertiefung von Weser und Elbe und der neue Tiefwasserhafen JadeWeserPort in Wilhelmshaven. Er wird als einziger echter Tiefwasserhafen in Deutschland ab 2010 die größten dann in Fahrt befindlichen Containerschiffe abfertigen können. Die drei umschlagstärksten Seehäfen in Deutschland sind Hamburg, Wilhelmshaven und Bremen mit Bremerhaven. Der wichtigste Ostseehafen ist Lübeck.
Wichtigste Seeschifffahrtsstraßen sind Unterelbe und Unterweser. Der Nord-Ostsee-Kanal ist auch für den Transitverkehr bedeutsam. Vor der deutschen Ostseeküste liegt mit der Kadetrinne die meistbefahrene und unfallgefährdete Schiffsroute der Ostsee.
Es gibt in Deutschland ein gut ausgebautes Netz von Wasserstraßen für die Binnenschifffahrt. Die wichtigsten schiffbaren Flüsse sind Rhein, Main, Weser und Elbe. Bedeutende Binnenkanäle sind der Mittellandkanal, der Main-Donau-Kanal, der Dortmund-Ems-Kanal, der Rhein-Herne-Kanal und der Elbeseitenkanal. Der Komplex der Duisburg-Ruhrorter Häfen ist mit einem Umschlag von mehr als 70 Millionen Tonnen der wichtigste und umschlagsstärkste Binnenhafen Deutschlands und zudem der größte Binnenhafen Europas, gefolgt vom Mannheimer Hafen.