In Deutschland sind Universitäten, Technische Universitäten und Fachhochschulen Einrichtungen der Forschung und wissenschaftlichen Lehre. Die (Technischen) Universitäten sind zu Promotions- und Habilitationsverfahren berechtigt. Beide Verfahren sollen Bildung nachweisen und wissenschaftliche Erkenntnisse enthalten. Mit der Einführung internationaler Abschlussbezeichnungen im Zuge des Bologna-Prozess wird die bisherige Trennung in den Bezeichnungen im tertiären, akademischen Bildungsbereich zwischen Fachhochschulen und Universitäten aufgeweicht. Einzelne Hochschuleinrichtungen bilden überhaupt nicht im tertiären Bildungsbereich aus, sondern sind zur postgradualen Bildung oder ausschließlich zur Promotion und Habilitation eingerichtet. Die überwiegende Mehrheit der deutschen Hochschulen sind in öffentlicher Trägerschaft, werden aber in ihrer Forschung über Drittmittel auch aus der Wirtschaft finanziert.
Neben den Universitäten gibt es eine größere Anzahl von Forschungsorganisationen, die deutschlandweit und darüber hinaus tätig sind. Dabei wurde in Deutschland ein System der Arbeitsteilung zwischen der außeruniversitären Forschung und den Universitäten aber auch zwischen den Organisationen geschaffen. Die Max-Planck-Gesellschaft verpflichtet sich der Grundlagenforschung. Sie führt 78 Institute in Deutschland und besitzt ein Jahresbudget von 1,3 Milliarden Euro. Die Helmholtz-Gemeinschaft ist die größte wissenschaftliche Gesellschaft in Deutschland und betreibt 15 so genannte Großforschungszentren, die fächerübergreifend an wissenschaftlichen Komplexen arbeiten. Die Fraunhofer-Gesellschaft ist die größte Organisation der angewandten Forschung. Sie greift in ihren 56 Instituten Ergebnisse der Grundlagenforschung auf und versucht sie wirtschaftlich zu erschließen. Sie stellt der Wirtschaft die Dienstleistung der Auftragsforschung bereit. Weltweite Bekanntheit erlangte sie durch die Entwicklung des MP3-Audioformats. Sie gehört zu den wichtigsten Patentanmeldern und -besitzern in Deutschland. Die Leibniz-Gemeinschaft ist ein Verbund eigenständiger Forschungseinrichtungen, die sowohl in der Grundlagenforschung als auch in der angewandten Forschung arbeiten.