Die meisten in Deutschland heimischen Tiere leben in den gemäßigten Laubwäldern. Im Wald leben unter vielen anderen Arten verschiedene Marderarten, Dam- und Rothirsche, Rehe, Wildschweine sowie Füchse. Biber und Otter sind seltener gewordene Bewohner der Flussauen, mit teilweise wieder steigenden Beständen. Andere ehemals in Mitteleuropa lebende Großsäuger wurden ausgerottet: Auerochse (1846), Braunbär (19. Jahrhundert), Elch (im Mittelalter noch zahlreich), Wildpferd (19. Jahrhundert), Wisent (17./18. Jahrhundert), Wolf (1904). In neuerer Zeit wandern gelegentlich einige Elche und Wölfe aus Polen und Tschechien ein, deren Bestände sich dort wieder vermehren konnten. Speziell im Fall von Wolf und Braunbär ist die Wiederansiedelung jedoch problematisch aufgrund des schlechten Rufs der Tiere.
Vom Wappenvogel Deutschlands, dem Seeadler, gibt es derzeit wieder ca. 500 Paare, vor allem in Mecklenburg-Vorpommern und Brandenburg. Der Steinadler kommt nur noch in den Bayerischen Alpen vor, der ehemals dort heimische Bartgeier wurde ausgerottet. Die häufigsten Greifvögel in Deutschland sind derzeit Mäusebussard und Turmfalke, dagegen ist der Bestand an Wanderfalken deutlich geringer. Dem gegenüber steht eine Vielzahl von Vögeln, die als Kulturfolger von der Anwesenheit des Menschen profitieren, insbesondere die in vielen Städten lebenden Stadttauben, bei denen es sich um verwilderte Haustauben handelt, Amseln (frühere Waldvögel), Spatzen und Meisen, für deren Überleben auch die Winterfutter-Industrie sorgt, sowie Krähen und Möwen auf Müllkippen. Eine Besonderheit ist die weltweit nördlichste Flamingo-Kolonie im Zwillbrocker Venn. Während sich die in Gärten und Parks anzutreffende Türkentaube seit den 1930er Jahren selbständig nach Mitteleuropa ausbreitete, wurde der bei Jägern beliebte Jagdfasan von den Römern eingebürgert.
Der früher in den Flüssen häufig vorkommende Lachs wurde im Zuge der Industrialisierung im 19. Jahrhundert weitgehend ausgerottet, konnte aber in den 80er Jahren des 20. Jahrhunderts im Rhein wieder angesiedelt werden. Der letzte Stör wurde 1969 in Deutschland gefangen. In vielen Teichen werden die erst von den Römern eingeführten Karpfen gehalten.
Der an der Nord- und Ostseeküste lebende Seehund wurde zeitweise nahezu ausgerottet, mittlerweile gibt es im Wattenmeer wieder einige tausend Exemplare. Das Wattenmeer ist insbesondere im Winter Rastplatz für Vögel aus den nördlichen Breiten.
Zu den lange heimischen Tieren hat sich eine beachtliche Anzahl an Neozoen angesiedelt. Zu den bekanntesten Vertretern gehören Waschbär, Marderhund und Halsbandsittich.