Am 3. Oktober 1990 erfolgte der Beitritt der DDR-Länder zur Bundesrepublik Deutschland. Die Truppen der Alliierten verließen weitgehend das Land, die noch verbliebenen Militäreinheiten der Westalliierten haben keinerlei Hoheitsbefugnisse mehr und unterliegen dem NATO-Truppenstatut. Das wiedervereinigte Deutschland erlangte damit nach dem Ende des Zweiten Weltkrieges seine volle staatliche Souveränität zurück.
Obwohl die Bundesrepublik Deutschland seit dem In-Kraft-Treten des Zwei-plus-Vier-Vertrages am 15. März 1991 auch völkerrechtlich ein souveräner Staat ist, sind heutzutage noch nicht alle Reste der Kriegsfolgen beseitigt, wenngleich mittlerweile obsolet: Artikel 53 und 107 der UNO-Charta (die sogenannte „UN-Feindstaatenklausel“) [11] erlauben ohne Beschlüsse des Sicherheitsrates Zwangsmaßnahmen gegen solche Staaten, die im Zweiten Weltkrieg gegen einen der Unterzeichnerstaaten der Charta Krieg führten und erneut den Frieden bedrohen.
Im Rahmen der Wiedervereinigung verpflichtete sich Deutschland zur Abrüstung auf zukünftig maximal 370.000 Soldaten. Territorial erkannte die Bundesrepublik im November 1990 endgültig die Oder-Neiße-Linie als völkerrechtlich verbindliche Grenze zu Polen an (siehe Oder-Neiße-Linie). Später (Januar 1997) folgten Deklarationen zur Aussöhnung mit der Tschechischen Republik.
Mit knapper Mehrheit (338 zu 320 Stimmen) beschloss der Bundestag am 20. Juni 1991, Bonn als Regierungssitz aufzugeben und Regierung und Parlament nach Berlin zu verlegen. Neben der Hauptstadt Berlin ist die Bundesstadt Bonn mit der Mehrzahl der Ministeriumsbeschäftigten und zahlreichen Bundesinstitutionen sowie Dienstsitzen von vier Verfassungsorganen zweites politisches Machtzentrum Deutschlands. Es existieren jedoch auch in anderen Städten Bundesbehörden. Der neue Sitz des Deutschen Bundestags ist das von Grund auf renovierte Reichstagsgebäude in Berlin, in dem erstmalig am 19. April 1999 eine Sitzung stattfand. Bereits früher (bis in die 1970er Jahren) tagte dort das Plenum und einige Ausschüsse, auch der Bundespräsident wurde dort gewählt. Seit September 1999 ist die Bundesregierung endgültig in Berlin angesiedelt.
Die 1990er Jahre waren nach dem kurzen Boom der Wiedervereinigung von wirtschaftlicher Stagnation, Massenarbeitslosigkeit und Reformstau geprägt. Insbesondere in den neuen Bundesländern entwickelte sich die Wirtschaft nicht wie erhofft und angekündigt. Mehrere Reformvorhaben der Bundesregierung scheiterten an der rot-grünen Mehrheit im Bundesrat (sogenannte „Blockade“). Außenpolitisch setzte sich Kohl insbesondere für eine stärkere Zusammenarbeit im Rahmen der Europäischen Union und z. B. die EU-Osterweiterung ein. Als die Bundesrepublik Jugoslawien 1991 zu zerfallen begann, war Deutschland eines der Länder, welches die Anerkennung der Unabhängigkeit von Kroatien und Slowenien durch die westlichen Staaten massiv unterstützte. Eine direkte Teilnahme am Zweiten Golfkrieg zur Befreiung Kuwaits lehnte die Bundesregierung mit Blick auf die historische Last ab. Stattdessen leistete Deutschland finanzielle Unterstützung und ersetzte Marineeinheiten der NATO-Partner im Mittelmeer. Nach Beendigung der Kämpfe half ein Verband der Bundesmarine bei der Räumung von Seeminen im Persischen Golf.
Zum ersten Mal in der Nachkriegsgeschichte kam es in Folge der Bundestagswahl 1998 zu einem vollständigen Regierungswechsel. Die bisherigen Regierungsparteien CDU/CSU und FDP verloren ihre Bundestagsmehrheit, die bisherigen Oppositionsparten SPD und Bündnis 90/Die Grünen bildeten die so genannte Rot-Grüne Koalition unter Bundeskanzler Gerhard Schröder. Bei der Bundestagswahl 2002 wurde die Bundestagsmehrheit von SPD und Grünen knapp bestätigt.
Die Rot-Grüne Koalition setzte erste Ansätze für richtungsweisende Veränderungen in der Sozial-, Renten- und Gesundheitspolitik (siehe Agenda 2010) durch. Mittels der Einnahmen aus der umstrittenen Ökosteuer gelang es, die Lohnnebenkosten (Rentenversicherungsbeiträge) zu reduzieren. Allgemein wurde das Thema Ökologie stärker gewichtet, beispielsweise mit dem Beginn des Atomausstiegs oder Gesetzesinitiativen zur Reduzierung von Treibhausgasen. Im Rahmen der schon in den 1990er Jahren zugenommenen Öffnung des Weltmarkts, der sogenannten Globalisierung, verlagerten vor allem größere Unternehmen Produktionskapazitäten in sogenannte Billiglohnländer, so dass das Phänomen Massenarbeitsarbeitslosigkeit bestehen blieb. Andere Reformen der rot-grünen Regierung waren etwa das Lebenspartnerschaftsgesetz, das neue Staatsbürgerschaftsrecht oder und das Gewaltschutzgesetz. Während Schröder für einige Bundesratsabstimmungen CDU-regierte Länder durch Zugeständnisse dazu bewegen konnte, im Sinne der Bundesregierung abzustimmen, scheiterten andere Reformvorhaben von Rot-Grün, wie das Verbraucherinformationsgesetz, an der CDU/CSU-Mehrheit im Bundesrat.
Der erste Kampfeinsatz deutscher Soldaten seit dem Zweiten Weltkrieg – 1999 im Kosovo-Krieg – markierte einen Wendepunkt der deutschen Außenpolitik. Nach dem Anschlag auf das World Trade Center in New York 2001, garantierte Bundeskanzler Schröder den USA die „uneingeschränkte Solidarität“ und unterstützte im Rahmen des Anti-Terrorkrieges den Krieg in Afghanistan. Sowohl im Kosovo, als auch im Afghanistan und anderen Orten sind weiterhin deutsche Truppen im Einsatz. Deutschland beteiligte sich im Jahre 2003 nicht am Irakkrieg. Dies führte zu Konflikten vor allem mit den USA, aber zu großen Sympathiebekundungen aus der deutschen Bevölkerung gegenüber dem „Friedenskanzler“ Schröder. Trotzdem unterstützte Deutschland die USA durch indirekte Hilfen, wie die Sicherung der Seewege am Horn von Afrika, ABC-Spürpanzer in Kuwait und den Nichtabzug deutscher Soldaten aus NATO-AWACS-Flugzeugen.
Die Hartz IV-Gesetzgebung von 2004 hatte das Ziel, den Arbeitsmarkt zu beleben, indem der Druck auf die Arbeitslosen stieg. Es wuchsen die Proteste gegen eine – insbesondere durch die direkt Betroffenen – als sozial ungerecht empfundene Politik, die Kritiker nicht von der SPD erwartet hatten. Nach durch Rot-Grün verlorenen Landtagswahlen in den Jahren 2004 und 2005 stellte Bundeskanzler Schröder schließlich am 1. Juli 2005 im Bundestag die Vertrauensfrage nach Art. 68 GG mit dem Ziel, diese absichtlich zu verlieren. Daraufhin löste Bundespräsident Horst Köhler (CDU) den 15. Deutschen Bundestag auf und setzte Neuwahlen für den 18. September 2005 an. Da diese Wahl kein Ergebnis zugunsten eines politischen Lagers ergab und alle Versuche eine Dreiparteienregierung zu bilden scheiterten, einigten sich CDU/CSU und SPD auf die Bildung einer Großen Koalition unter der Kanzlerschaft von Angela Merkel (CDU).