Die vielgestaltige Wüstenlandschaft Dschibutis umschließt hufeisenförmig die weit ins Land reichende Bucht von Tadjoura. Einst lag das Land unterhalb des Meeresspiegels, worauf zahlreiche Korallenbauten hinweisen. Die Küste und die ihr vorgelagerten Inseln, Korallenriffe und Unterwasservulkane gelten als Taucherparadies. Dschibuti ist in starkem Maße vulkanisch geprägt; der Vulkan Ardoukoba ist erst 1978 entstanden. Landschaftlich besteht das Territorium zum Teil aus dem großen Senkungsfeld des ariden Danakil- und Afartieflands, das sich teilweise weit unter das Niveau des Meeresspiegels herabsenkt. Die größte Tiefe liegt im Assalsee bei 155 m unter dem Niveau des Meeresspiegels.
Die Danakilberge im Norden bestehen aus kristallinen Massengesteinen und jüngeren Basaltdecken. Sie erreichen ihre größte Erhebung an der Grenze zu Äthiopien und Eritrea im Mouso Ali mit 2.063 m. Im Süden des Landes sind Ebenen und Basaltdecken vorherrschend. In seinen abflusslosen Senken und Salzpfannen verdunstet das nur zeitweilig zuströmende Wasser der Wadis; bizarre Salz- und Gipsformationen säumen die Ufer des Assalsees (57 km²) und des Abbésees. Er wird wie der Gamarisee von dem äthiopischen Fluss Awash gespeist, der sich - aus dem Westen kommend - in einem System von mehreren unbesiedelten Salzbecken verliert.