Aufgrund der Regenarmut bedecken Dornbuschsavannen, Halb- und Vollwüsten den größten Teil des Landes. Nur in Höhen über 1.200 m findet man Akazien, Thujen, Wacholdersträucher, wilde Feigen und Ölbäume. Ein Dornbaum- und Sukkultenwald erstreckt sich in den Hanglagen des Musa Ali. Im Naturpark Foret du Day konnten sich viele der sonst verschwundenen Pflanzenarten erhalten.
Wie in anderen Trockenregionen Afrikas leben in Dschibuti Gazellen, Antilopen, Zebras, Hyänen und Schakale. Der Abbésee im Südwesten ist bekannt für die hier zahlreich vorkommenden Ibisse, Pelikane und vor allem Flamingos.