zur vorkolonialen Geschichte der Afar siehe: Sultanat Adal
Ebenso wie Somalia geriet das heutige Dschibuti zwischen dem 7. und 10. Jh. unter die Herrschaft arabischer Sultane, die die nomadische Hirtenbevölkerung islamisierten. Das strategische Interesse der Franzosen an dem Gebiet war durch den Bau des Suezkanals (1959-1869) erwacht. 1862 hatte Frankreich das Gebiet von Obock sowie das Küstenland erworben. Damit wollte es ein Gegengewicht zum britischen Militärhafen Aden zu schaffen. 1892 nahm Frankreich Besitz von den bis dato autonomen Sultanaten der Stadt Dschibuti. 1896 wurde Dschibuti zur französischen Kolonie "Französisch-Somaliland" erklärt, mit Dschibuti als Hauptstadt. 1917 erfolgte die Fertigstellung der 781 km langen Bahnlinie nach Addis Abeba. Damit war das Gebiet für Frankreich auch von ökonomischem Interesse, denn Dschibuti wurde zum wichtigsten Ausfuhrhafen des Nachbarlandes Äthiopien. Erst zwischen den beiden Weltkriegen wurde das Innere des Landes erschlossen.
1946 erfolgte die Umwandlung der Kolonie in ein französisches Überseeterritorium. 1956 bekam Dschibuti begrenzte Autonomie durch das Loi Cadre und 1957 wurde ein eigenes Kabinett und Territorialparlament gebildet. 1958 sprach sich die Bevölkerung in einem Referendum mehrheitlich für einen Verbleib bei Frankreich aus. Der Issa-Führer Harbi war jedoch dagegen. Das hieß für die Afar eine Begünstigung durch die französische Kolonialherrschaft. Ein neues Referendum am 19. März 1967 führte zu Spannungen zwischen den Nachbarstaaten Äthiopien und Somalia. Die Afar sympathisierten mit Frankreich und Äthiopien. Die Issa vertraten einen rigorosen Somali-Nationalismus (Groß-Somalia). Sie wollten die Unabhängigkeit des Gebietes und den Anschluss an Somalia. Durch den Druck der französischen Behörden entspannte sich die Situation wieder und das Gebiet nannte sich seither "Französisches Territorium der Afar und Issa" ("Territoire Français des Afars et des Issas").
Eine weitgehende Selbstverwaltung gewährte Frankreich nach wiederholten Unruhen 1972. 1974 forderten die UNO und mehrere afrikanische Staaten die Unabhängigkeit. Nach einer erneuten Volksabstimmung kam unter weitgehender Stimmenthaltung der Afar am 27. Juni 1977 (Nationalfeiertag) zur Unabhängigkeit von Frankreich. Erster Präsident des Landes wurde Hassan Gouled Aptidon. Der Issa-Politiker bildete zwar ein Kabinett mit allen ethnischen Gruppen - der Ministerpräsident und der Außenminister waren Afar -, dennoch kam es von dieser Seite im folgenden immer wieder zu Unmutsäußerungen über ihre zweitrangige politische Situation, die zu diversen Regierungskrisen und -umbildungen führten. Nach seinem deutlichen Wahlsieg 1981 entschloss sich Gouled zu einer entschiedenen Haltung, erklärte Dschibuti zum Einparteienstaat, (RPP = Rassemblement Populaire pour le Progrés) der Issa, die Afar-Opposition blieb chancenlos, und verbot alle anderen Parteien.
In den folgenden Jahren stellte sich eine allmähliche Konsolidierung der innenpolitischen Lage ein. Am 21. März 1981 unterzeichnete der Präsident einen Freundschaftsvertrag mit dem Nachbarland Äthiopien mit einer Laufzeit von 10 Jahren. Seit 1986 agierte Dschibuti als Friedensvermittler zwischen Äthiopien und Somalia. Ab 1988 wurde Dschibuti Aufnahmeland für somalische Flüchtlinge, woraufhin sich die Beziehungen zu Somalia verschlechterten. 1989 zerstörte eine Überschwemmungskatastrophe 70% des Stadtgebietes. 1991 setzten im Norden des Landes Kampfhandlungen zwischen Afar-Rebellen und Regierungstruppen ein. Die Erfolge der Rebellen bewogen die Regierung, das Mehrparteiensystem wiedereinzuführen. Im Dezember 1994 unterzeichneten die Afar-Rebellen ein Friedensabkommen. 1999 trat Gouled aus gesundheitlichen Gründen zurück; sein Nachfolger wurde Imail Omar Guelleh, der 2005 wiedergewählt wurde.