Die Bundesrepublik Deutschland ist in Dschibuti nicht mit einer eigenen Auslandsvertretung vor Ort, zuständig ist die Botschaft in Addis Abbeba. Der Honorargeneralkonsul der Bundesrepublik Deutschland in Dschibuti, Maître Jean Montagné, spricht kein Deutsch. In den durchgehend sehr freundschaftlichen Beziehungen zwischen Deutschland und Dschibuti kam es Ende März 2004 vorübergehend zu einer diplomatischen Verstimmung. Man zeigte sich enttäuscht über die Absage eines geplanten Besuches des damaligen Bundespräsidenten Johannes Rau. Nach Hinweisen auf einen möglichen Terroranschlag hatte Rau den vorgesehenen Truppenbesuch bei dem im Land stationierten deutschen Truppenkontingent nicht durchgeführt. Einen vorläufigen Höhepunkt in den bilateralen Beziehungen stellte bald darauf aber der Besuch von Bundespräsident Prof. Dr. Horst Köhler am 16. Dezember 2004 dar. Davor hatte am 5. und 6. Juni 2004 der damalige Bundesminister für Verteidigung, Peter Struck, einen offiziellen Besuch durchgeführt, und auch dessen Nachfolger Franz-Josef Jung besuchte bereits kurz nach Amtsantritt am 21. und 22. Dezember 2005 die Bundeswehr in Dschibuti.