Am 15. September 1821 erlangte El Salvador die Unabhängigkeit von der einstigen Kolonialmacht Spanien und von der Zentralamerikanischen Konföderation (Confederación de Centroamérica) im Jahre 1839.
1882 beseitigte die Regierung von El Salvador per Gesetz das letzte verbliebene indigene Gemeindeland und ermöglichte so die Ausbreitung der Kaffeplantagen. So befanden sich um das Jahr 1900 90 % der Güter des Landes in den Händen von 0,01% der Bevölkerung[2]. Der Großteil der Bauern war landlos und lebte in äußerster Armut.
1930 übernahm General Maximiliano Hernández Martínez, Verteidigungsminister des Landes, durch einen Putsch die Macht. 1932 ließ Martínez einen Aufstand überwiegend indigener Pipil-Bauern, der vom Vorsitzenden der neu gegründeten Kommunistischen Partei von El Salvador, Agustín Farabundo Martí geleitet war, im Westen des Landes blutig niederschlagen. Neben Farabundo wurden etwa 30.000 Menschen niedergemacht. La Matanza - "das Massaker" gilt als das Ende der Existenz der indigenen Völker El Salvadors. So heißt es, Menschen seien einfach auf Grund des Unterscheidungsmerkmals getötet worden, dass sie Nahuatl (Pipil) sprachen oder „indianische“ Kleidung trugen[3].
1969 gab es einen Krieg mit Honduras den „Fußballkrieg“. Der Grund waren Spannungen um Wirtschaftsflüchtlinge aus El Salvador, die seit längerem von der Regierung Honduras' für die wirtschaftlichen Probleme verantwortlich gemacht und angefeindet wurden. Der Krieg dauerte 4 Tage vom 14. Juli 1969 bis 18. Juli 1969 und kostete 3.000 Menschen das Leben, 6.000 wurden verletzt. Der Konflikt wurde unter Vermittlung der Organisation Amerikanischer Staaten durch ein Friedensabkommen beigelegt.
Von 1980 bis 1991 kam es zu einem Bürgerkrieg, der am Ende rund 70.000 Tote, vorwiegend unter der Zivilbevölkerung, Tausende von Versehrten und Zerstörungen in Milliardenhöhe verursachte. Grund dafür waren soziale Spannungen, die durch das große Wohlstandsgefälle verursacht wurden, eine kleine Elite besaß einen Großteil der Ressourcen, ein nennenswerter Mittelstand existiert erst seit Ende der 80er. Letztendlicher Auslöser des Bürgerkriegs war die Ermordung des Erzbischofs und Befreiungstheologen Oscar Romero durch rechtsgerichtete Todesschwadronen in einer Kirche. Wie in anderen lateinamerikanischen Bürgerkriegen (Guatemala, Chile, Nicaragua) unterstützte auch in El Salvador der frisch gewählte US-Präsident Ronald Reagan das ideologisch (im Kampf gegen den Kommunismus, den Hauptfeind im Kalten Krieg) verbundene Regime. Neben der Entsendung von militärischen Ausbildern und CIA-Missionen (legitimate covert actions nach US-Recht) bestand die Unterstützung vor allem in der Lieferung von Militärgerät.
Nach dem Friedensabkommen von Chapultepec wurde die Rebellenarmee FMLN 1992 demobilisiert. Die Halbierung der Armee und Schaffung ziviler, demokratischer, den Menschenrechten verpflichteter Institutionen wurde ebenfalls beschlossen. Die Erfüllung des Friedensabkommens wurde international wie national überwacht.
Entscheidend für die erfolgreiche Umsetzung war die Tatsache, dass das Friedensabkommen weder Sieger noch Besiegte kannte und günstige außenpolitische Rahmenbedingungen (Zerfall der Sowjetunion, Ende des Ost-West-Konflikts) bestanden. Seit Ende des Bürgerkrieges hat sich die politische Landschaft von einem autoritären System zum demokratischen Staat hin entwickelt. Präsidenten und Regierungen wurden zwar stets durch ARENA gestellt, jedoch konnte die FMLN bei Kommunalwahlen erheblich an Einfluss gewinnen.