Am 18. Mai 2005 wurde in Moskau der seit 1999 verhandelte Grenzvertrag mit Russland unterzeichnet. Die Verzögerung hing mit der Weigerung des russischen Präsidenten Putin zusammen, die estnische Sicht der Annexion 1940 und des Vertrags von Dorpat 1920 zu akzeptieren. Am 27. Juni 2005 zog Russland die geleistete Unterschrift allerdings wieder zurück, da es mit dem estnischen Entwurf der Präambel nicht einverstanden war, den diese dem Vertrag voranstellen wollten und in dem auf die "Jahrzehnte der Besatzung" sowie die vergangenen "Aggressionen der Sowjetunion gegen Estland" hingewiesen wird. Die Grenzfrage ist damit weiterhin ungeklärt.