Ein Großteil der Esten ist heute konfessionslos.
Religion spielt nur noch für eine Minderheit der Bevölkerung eine Rolle. Traditionelle Religion der Esten ist der christliche Glaube in der Form des protestantischen Luthertums, wie er in Skandinavien weit verbreitet ist. Dennoch ist die Estnische Evangelisch-Lutherische Kirche (EELK) eine quasi offizielle Kirche (üblich ist beispielsweise die Abhaltung von Gottesdiensten zu Parlamentseröffnungen) und ihr Erzbischof die Zentralfigur der estnischen öffentlichen Religion. Die EELK dominiert auch die relativ umfassende Theologenausbildung in Estland (in Tartu an der Universität und in Tallinn an der Kirchlichen Hochschule). Heute bekennen sich noch etwa 30 % der Bevölkerung als Mitglieder in christlichen Kirchen beziehungsweise Glaubensgemeinschaften. Davon sind:
13,6 % evangelisch-lutherisch
12,8 % orthodox
0,5 % Baptisten
0,5 % römisch-katholisch
Daneben gibt es kleinere Gemeinden sonstiger protestantischer, jüdischer und islamischer Gemeinschaften.
Die zehn bedeutenden christlichen Kirchen und Gemeinschaften haben sich im Rat Christlicher Kirchen Estlands zusammengeschlossen.
Eine Besonderheit bilden die etwa 5.000 Altorthodoxen die seit dem 18. Jahrhundert vor der Verfolgung im russischen Kernland in die Randgebiete des Russischen Reiches flohen. Am estnischen Ufer des Peipussees gibt es zahlreiche von Altorthodoxen bewohnte Dörfer. Kleinere Gemeinden gibt es auch in Tallinn und Tartu.[4]