Das Verkehrsnetz ist gut ausgebaut. Die Straße und die Schifffahrt auf der Ostsee spielen die wichtigste Rolle, im Güterverkehr auch die Eisenbahn in Form der Gesellschaft Eesti Raudtee. Internationaler Personeneisenbahnverkehr beschränkt sich auf eine tägliche Zugverbindung nach Moskau. Im innerestnischen Personenverkehr spielte die Eisenbahn nach ihrer insofern gescheiterten Privatisierung und der anschließenden Stilllegung zahlreicher Strecken fast keine Rolle mehr, jedoch steigen die Passagierzahlen wieder an. Der überörtliche öffentliche Verkehr wird nunmehr fast gänzlich durch Überlandbusse abgewickelt.
Hochseehäfen befinden sich in Tallinn, Pärnu und Sillamäe. Von Süden nach Norden wird das Land von der Via Baltica durchquert.
Der Luftverkehr konzentriert sich auf den internationalen Flughafen Tallinns, Ülemiste, der Basis der estnischen Fluggesellschaften Estonian Air, Aero Airlines und Avies ist. Estonian Air bedient mit fünf Boeing 737-500 europäische Destinationen, u.a. Stockholm, Oslo, London, Moskau, Brüssel und Kopenhagen. In Deutschland werden Frankfurt am Main und Hamburg bedient. Aero Airlines bedient mit Turboprop-Flugzeugen des Typs ATR-72-200 die Strecke Tallinn - Helsinki in Kooperation mit der finnischen Fluggesellschaft Finnair. Avies verbindet mit kleinen Turboprop-Flugzeugen der Typen British Aerospace Jetstream 31 und Let L-410 von Tallinn die vorgelagerten Inseln Saaremaa und Hiiumaa. Ausländische Fluggesellschaften, die Tallinn anfliegen, sind Air Baltic (von Riga und Vilnius), Lufthansa (von Frankfurt am Main), Easyjet (von London-Stansted und Berlin-Schönefeld), SAS (von Stockholm), LOT (von Warschau), Czech Airlines (von Prag) und KLM (von Amsterdam).
Am 28. September 1994 sank die estnische Fähre Estonia vor der Küste Finnlands auf der Überfahrt nach Stockholm. Bei dem Unglück starben 852 Menschen.