Haupthandelspartner Estlands sind die skandinavischen Nachbarländer Schweden und Finnland sowie die Baltikum-Nachbarstaaten Lettland und Litauen. Aber auch Deutschland ist ein wichtiger Partner: 8% der Exporte gehen nach Deutschland und sogar 13% der Importe kommen aus Deutschland (jeweils Rang 3).
Hauptexportprodukte sind Maschinen und Maschinenteile (27 % der Ausfuhrgüter) gefolgt von Holz und Holzprodukten / Möbeln (13 %). Erst dann folgen Textilien (9 %), Metalle und Metallprodukte (8%) und Nahrungsmittel (7%). Trotz der im Vergleich zu den baltischen Nachbarländern etwas höher wertigen Ausfuhrprodukte ist die Handelsbilanz anhaltend deutlich negativ (mit sogar steigender Tendenz): Exporten im Wert von 4,7 Mrd. € stehen Importe im Wert von 6,7 Mrd. € (2004) gegenüber. Dadurch bleibt auch die Zahlungsbilanz (inkl. Finanztransfers/Direktinvestitionen, Dienstleistungen) negativ, das Defizit erreicht 2004 13 % des BIP-Wertes.