Als ethnische Minderheiten können folgende Bevölkerungsgruppen bezeichnet werden:
Pomaken, Roma und Türken
Die hauptsächlich im Verwaltungsbezirk Thrakien ansässigen 100.000-140.000 Pomaken, muslimischen Roma und Türken werden auf der Grundlage des Lausanner Friedensvertrags von 1923 zusammen als muslimische Minderheit anerkannt und genießen einige Sonderrechte, wie Schulunterricht in türkischer Sprache, Verwendung von Schulbüchern aus der Türkei (gem. bilateraler Abkommen), Koranschulen, Autonomie in Angelegenheiten des Familienrechts etc. In den letzten Jahrzehnten fand zunehmend eine Assimilation der ca. 30.000, den als Pomakisch bekannten Rhodope-Dialekt des Bulgarischen sprechenden muslimischen Pomaken an die Gruppe der Türken statt. Diese grenzen sich scharf von der sehr heterogenen Gruppe der romani- und türkischsprachigen muslimischen Roma ab, obwohl letztere ebenfalls dazu neigen, sich als Türken zu bezeichnen.
Nach einer Reihe amtlicher und halbamtlicher Repressalien gegen die muslimische Minderheit während der 80er Jahre bildete diese Anfang der 90er Jahre, auch mit aktiver Unterstützung aus der Türkei, Parteiformationen. Diese waren zeitweise durch 2 Abgeordnete im Parlament vertreten, was jedoch durch die Einführung einer 3%-Hürde unterbunden wurde. Aktuell stammt 1 Abgeordneter der konservativen Volkspartei Nea Dimokratia aus der muslimischen Minderheit.
Konfliktpunkte mit dem griechischen Staat bestehen in der aktuell untersagten Benennung von Vereinen unter Verwendung des Adjektivs „türkisch“ und dem Anliegen, die führenden islamischen Rechtsgelehrten (Muftis), die zur Zeit als Beamte vom Staat ernannt werden, durch Wahlen zu bestimmen.
Neben den muslimischen Roma sind in ganz Griechenland auch zahlreiche christliche Roma ansässig (bezeichnet als Athinganoi oder Tsinganoi), die zu Teilen von der Mehrheitsbevölkerung assimiliert sind, zu Teilen jedoch auch unter Bedingungen extremer sozialer Abgrenzung leben, die in der Regel mit dem Grad Ihrer Erkennbarkeit als Roma einhergeht.
Slawische Mazedonier
Auf der Grundlage des Ergebnisses der gemäßigten ethnischen Partei Ouranio Toxo (Regenbogen) bei den Wahlen zum Europaparlament im Jahr 2004 kann von einer absoluten Mindestanzahl von 2.955 ethnischen Mazedoniern in der Region Makedonien (2.424.765 Einwohner) ausgegangen werden. Hauptanliegen des politisch aktiven Teils dieser Bevölkerungsgruppe, die zum Teil Bindungen zur Republik Mazedonien (FYROM) pflegt, ist die (aktuell eingeschränkte) Förderung der slawische mazedonischen Sprache und Kultur, die amtliche Berücksichtigung des slawisch Mazedonischen im Schulsystem und die Aufhebung der gesetzlichen Regelung zur Rückkehr von Bürgerkriegsflüchtlingen, welche ethnisch slawisch mazedonischen politischen Flüchtlingen aus dem Griechischen Bürgerkrieg (1946-1949) die Rückkehr verwehrt. (Zur Gruppe der den lokalen mazedonischen Dialekt ebenfalls sprechenden ethnischen Griechen s. weiter unten.)
Die griechische Regierung gibt dagegen an, in den nordgriechischen Präfekturen gebe es keine „mazedonische Minderheit“.