An das überwiegend flache Landesinnere schließt sich ein durch marine Erosion stark zerklüfteter Küstenstreifen mit dem Sumpfgebiet. Dem Festland vorgelagert liegt der Bissagos-Archipel im Atlantik. Der höchste Berg ist der Madina do Boé mit 262 m. Die wichtigsten Flüsse sind Río Gêba, Río Cacheu und Río Corubal. Die bedeutendsten Inseln Guinea-Bissaus sind Arch. do Bijagós: Ilha de Orango, Caravela, Bubaque, Roxa, Bolama, Uno und Formosa.