Etwa 48,1 Prozent des Landes sind von Wald bedeckt (2000). Das rund 5.000 Quadratkilometer große Biosphärenreservat Río Plátano ist der bedeutendste Nationalpark Honduras und gehört zu den letzten noch intakten Regenwaldgebieten Zentralamerikas. Der Park wurde 1982 von der UNESCO zum Weltnaturerbe erklärt. Insgesamt stehen etwa 10 Prozent der Landesfläche unter Naturschutz. Eichen- und Kiefernwälder bedecken die kühleren Hochländer, im Flachland herrschen Gräser vor, Mangroven und Palmen finden sich in den Küstengebieten. Jährlich werden ca. 3.000 km² Wald zerstört.
Wo das Holz abtransportiert werden kann, hat der Raubbau die Bestände an Edelhölzern wie Mahagoni, Zeder und Gelbholz schon stark verringert. Inzwischen haben US-Gesellschaften damit begonnen, die Kiefernsavannen im Nordosten ebenfalls holzwirtschaftlich zu nutzen. Sollte diese Entwicklung anhalten, werden in etwa 20 Jahren Wüsten die üppigen Wälder ersetzt haben.