Bei den Präsidentschaftswahlen von 1981, die die Rückkehr zur Demokratie signalisierten, erhielt der Kandidat der Liberalen Partei, Roberto Suazo Córdova, eine eindeutige Mehrheit. Viele Beobachter hegten Zweifel an seiner politischen Überlebensfähigkeit in einem Land, in dem es in 150 Jahren immerhin 125 Militärputsche gab. Er überstand eine schwere Wirtschaftskrise und viele Putschgerüchte. Er und sein Nachfolger José Azcona Hoyo mussten es allerdings wohl oder übel hinnehmen, dass Honduras zu einem Brückenkopf der USA im unerklärten Krieg gegen Nicaragua wurde. Erst 1989 erzielte eine internationale Konferenz Einigung über den Abzug der nicaraguanischen „Contras“.
Das von der Schuldenkrise gebeutelte Land hängt am Tropf der Überlebenshilfe, die der „große Bruder“ jedoch nicht ohne Gegenleistungen gibt. Die Tradition der Fremdbestimmung erhielt eine neue Version, das hässliche Wort von der „Bananenrepublik“ eine neue Begründung. Zu den Folgewirkungen der massiven Präsenz der USA gehörten nationalistische Aufwallungen. 1992 schlossen El Salvador, Guatemala und Honduras ein Freihandelsabkommen. Der 1993 gewählte Präsident Carlos Roberto Reina versuchte in seiner Amtszeit, den Einfluss des Militärs einzudämmen. Sein Nachfolger Carlos Roberto Flores Facussé initiierte eine reformorientierte Wirtschaftspolitik. Bei den Präsidentschaftswahlen 2002 ging Ricardo Maduro Joest von der Nationalen Partei als Sieger hervor.
Die Präsidentschaftswahlen im November 2005 gewann mit Manuel Zelaya Rosales wieder ein Kandidat der Liberalen. Er versprach vor allem nachhaltige Maßnahmen gegen die Kriminalität.
1998 wurden große Teile Honduras durch den Hurrikan Mitch, der gleich mehrere Male über das Land hinweg zog, zerstört. Selbst das von der Karibikküste beinahe 300 km entfernte Tegucigalpa blieb nicht verschont und noch heute sind die Folgen der Naturkatastrophe sichtbar. „Mitch“ warf die honduranische Wirtschaft um Jahre zurück, da insbesondere die Bananenplantagen unter der Katastrophe gelitten haben.