Nach der Beilegung der Bürgerkriege in Nicaragua (1990), El Salvador (1992) und Guatemala (1996) ist Honduras insbesondere an der wirtschaftlichen Entwicklung in der Region und an einer weitergehenden Integration Zentralamerikas interessiert. Das Land ist aktives Mitglied in dem durch das Protokoll von Tegucigalpa 1991 gegründeten „Sistema de Integración Centroamericano“ (SICA). Mit Nicaragua und El Salvador gibt es seit geraumer Zeit Grenzstreitigkeiten, die jeweils dem Internationalen Gerichtshof in Den Haag zur rechtlichen Klärung vorgelegt und zum Teil auch gelöst wurden. Auch die Organisation Amerikanischer Staaten (OAS) ist mit den Grenzfragen befasst und tritt als Vermittler auf.
Die Beziehungen zu den weiteren Nachbarstaaten im Norden (Guatemala, Belize und Mexiko) und im Süden (Costa Rica, Panama) sind freundschaftlich. Am 16. April 2001 ist der im Jahr zuvor unterzeichnete Freihandelsvertrag („Tratado de Libre Comercio“) zwischen Mexiko und den drei Ländern des sog. „nördlichen Dreiecks“ El Salvador, Honduras und Guatemala in Kraft getreten.
Honduras unterhält diplomatische Beziehungen zu Taiwan. Die Beziehungen zu diesem Land, aber auch zu Japan und Korea, sind aufgrund der erheblichen entwicklungspolitischen Leistungen und des handelspolitischen Gewichts der betroffenen Staaten intensiv. Im Januar 2002 wurden die diplomatischen Beziehungen zu Kuba wiederhergestellt.
Honduras hatte während des Dritten Golfkrieges 370 Soldaten im Irak stationiert und zählte zu den Staaten der „Koalition der Willigen“, die die USA mit Truppen unterstützten. Kurz nach der Entscheidung Spaniens, seine Soldaten zurückzuziehen, folgte Honduras Mitte April 2004 diesem Beispiel.