Im Hochschulbereich gibt es die beiden staatlichen Universitäten „Nationale Autonome Universität von Honduras“ (UNAH) in Tegucigalpa mit weiteren Studienzentren in San Pedro Sula, La Ceiba, Santa Rosa de Copán und Comayagua sowie die „Nationale Pädagogische Universität Francisco Morazán“ (UNPFM) in Tegucigalpa. Die wichtigsten Privatuniversitäten sind die Technische Universität (Universidad Tecnologíca) und die von der katholischen Kirche getragene Universität (Universidad Católica). Zudem gibt es im Land zwei Fachhochschulen im Agrar- und Forstbereich (Escuela Agricola Panamericana Zamorano, Escuela Nacional de Ciencias Forestales).