Die Lage der Menschenrechte in Honduras hat sich nach der Konsolidierung des Friedensprozesses in Zentralamerika und der Etablierung demokratischer Regierungen erheblich verbessert. Allerdings kommt es nach Angaben von nicht-staatlichen Menschenrechtsorganisationen immer wieder zu institutionellen Unzulänglichkeiten und Übergriffen von Polizei und Sicherheitsorganen. Hiervon besonders betroffen sind Angehörige ethnischer Minderheiten (indigene Gruppen, Nachfahren afrikanischer Einwanderer) und sozial benachteiligte Gruppen (Straßenkinder). Ein weiter nicht gelöstes Problem aus der Vergangenheit ist die Straflosigkeit der für Menschenrechtsverletzungen während früherer Militärregimes verantwortlichen Personen. Wiederholte Bemühungen des vom Nationalkongress eingesetzten Menschenrechtskommissars und nationaler Nichtregierungsorganisationen (Komitee der Familienangehörigen von Verhafteten/Verschwundenen) haben bisher noch nicht die erhofften Ergebnisse erbracht. Die Lage in den honduranischen Haftanstalten ist besorgniserregend. Im Mai 2004 kam es im Zentralgefängnis in der zweitgrößten honduranischen Stadt San Pedro Sula zu einer verheerenden Brandkatastrophe, bei der über einhundert Todesopfer zu beklagen waren. Der vom damaligen Staatspräsident Ricardo Maduro Joest verfügte Einsatz des Militärs zur Verbrechensbekämpfung hat nach Ansicht von Amnesty International und lokalen Menschenrechtsgruppen wie der Kinderrechtsorganisation Casa Alianza zu einer Verschlechterung der Menschenrechtslage geführt. Ob der Kurs der neuen Regierung ab 2006, bei der Bekämpfung der vor allem in den Großstädten ausufernden Bandenkriminalität und des organisierten Verbrechens nachhaltige Erfolge erzielen kann, bleibt abzuwarten.