Der Yojoasee und eine Reihe von Flüssen sind schiffbar. Die Länge der schiffbaren Wasserstraßen beträgt 465 km. Fähren verkehren zwischen den Häfen an der Karibik- und Pazifikküste. Einzelheiten von den Hafenbehörden. Von La Ceiba und Puerto Cortés gibt es mehrmals wöchentlich Verbindungen zu den Islas de la Bahía. Vereinbarungen müssen mit den Bootseigentümern getroffen werden.