Der Laizismus, die Trennung von Staat und Religion, zählt zu den wesentlichsten Grundsätzen des indischen Staates und ist in seiner Verfassung verankert. Seit Jahrhunderten bestehen verschiedene Glaubensrichtungen zumeist friedlich nebeneinander. Dennoch kommt es manchmal zu regional begrenzten religiös motivierten Auseinandersetzungen.
Bei der Teilung Indiens 1947 und beim Bangladesch-Krieg 1971 kam es zwischen Hindus und Muslimen zu massiven Ausschreitungen. Unruhen zwischen Anhängern der beiden Glaubensrichtungen brechen in Indien in gewissen Zeitabständen immer wieder aus. Ein Konfliktpunkt ist nach wie vor Kashmir, dessen überwiegend muslimische Bevölkerung teilweise gewalttätig für die Unabhängigkeit oder den Anschluss an Pakistan eintritt. Geschürt werden sie seit den späten 1980er Jahren durch den aufkeimenden Hindu-Nationalismus (Hindutva) und den islamischem Fundamentalismus. Einer der Höhepunkte der Auseinandersetzungen war die Erstürmung und Zerstörung der Babri-Moschee in Ayodhya (Uttar Pradesh) durch extremistische Hindus im Dezember 1992, da das islamische Gotteshaus einst an der Stelle eines bedeutenden Hindu-Tempels errichtet worden war, der den Geburtsort Ramas markieren sollte. Die letzten Unruhen traten 2002 in Gujarat auf, als 59 Hindu-Aktivisten (kar sevaks) in einem Zug verbrannt wurden. Infolge der eskalierenden Gewalt kamen etwa 2.000 Menschen um, hauptsächlich Moslems. Die politische Situation in Kaschmir kostete seit 1989 aufgrund der Aktivitäten islamistischer Terroristen über 29.000 Zivilpersonen das Leben.
Auch bei anderen Religionen traten Konflikte auf. Die Forderungen sikhistischer Separatisten nach einem unabhängigen Sikhstaat namens „Khalistan“ gipfelten 1984 in der Erstürmung des Goldenen Tempels in Amritsar durch indische Truppen (Operation Blue Star) und der Ermordung der damaligen Premierministerin Indira Gandhi durch ihre eigenen Sikh-Leibwächter. Insgesamt kamen bei den Unruhen im Jahre 1984 mehr als 3.000 Sikhs ums Leben.