Die größte Erdbebenkatastrophe der jüngeren Geschichte Indonesiens war das Seebeben im Indischen Ozean am 26. Dezember 2004. Als am Morgen gegen 7.58 Uhr die Erde vor der Nordwestküste Sumatras bebte, wurden viele Orte schwer beschädigt. Es war – mit 9,4 auf der Richterskala – das zweitstärkste jemals gemessene Erdbeben (schwerstes Erdbeben am 22. Mai 1960 in Chile mit Stärke 9,5). Nur ca. 15 Minuten später wurden die Menschen, vor allem an der Westküste Sumatras in der Region um Banda Aceh, von einem bis zu 15 Meter hohen Tsunami überrascht. In wenigen Minuten wurden ganze Küstengebiete verwüstet. Es starben allein in Indonesien über 170.000 Menschen.
Ein Erdbeben Stärke 6,2 mit katastrophalen Auswirkungen ereignete sich am 27. Mai 2006 in Zentral-Java bei Yogyakarta. Dabei starben nach Regierungsangaben annähernd 5.800 Menschen, bis zu 57.800 wurden verletzt, mehr als 130.000 Häuser wurden zerstört oder schwer beschädigt und bis zu 650.000 Menschen obdachlos. Außerdem führte es zu einer weiteren Verstärkung der Aktivitäten des Vulkans Merapi.
Seit 29. Mai 2006 bildet sich in der Nähe von Sidoarjo auf Java ein Schlammvulkan.
Am 17. Juli 2006 ereignete sich vor Java eine Seebeben mit anschliessendem Tsunami. 525 Menschen starben und 38.000 wurden obdachlos. Betroffen war vor allem die Stadt Pangandaran auf der indonesischen Insel Java. Die Weiterleitung der Tsunami Warnung wurde verpasst. Ein Erdstoß der Stärke 6,2 ereignete sich erneut am 19. Juli 2006 vor der indonesischen Küste, erklärte das Erdbebenwarnzentrum in Jakarta und gab diesmal die Warnung weiter.
Am 5. Februar 2007 setzen sintflutartige Regenfälle rund 75 Prozent des Stadtgebietes von Jakarta unter Wasser. In einigen Bezirken standen die Fluten bis zu drei Meter hoch zwischen den Häusern. Nach Angaben örtlicher Behörden wurden fast 350.000 Menschen durch die Flut obdachlos.
Am 6. März 2007 ereignete sich ein Erdbeben der Stärke 6,3 in West-Sumatra mit über 70 Toten und mehreren Hundert Verletzten (Stand 6.3.). Das Beben und eines der mehreren leichteren Nachbeben waren noch im über 400km entfernten Singapur zu spüren, so dass dort mehrere Hochhäuser evakuiert wurden.