Laut dem indonesischen Census von 2001 leben in Indonesien insgesamt über 300 verschiedene Völker, von denen die meisten malaiischer Herkunft sind. Die größten Völker verteilen sich auf die Bevölkerung wie folgt:
Javaner (41,7 %), Sundanesen (15,4 %), Malaien (3,4 %), Maduresen (3,3 %), Batak (3,0 %), Minangkabau (2,7 %), Betawi (2,5 %), Bugis (2,5 %), Bantenesen (2,1 %), Banjaresen (1,7 %), Balinesen (1,5 %), Sasak (1,3 %), Makassaresen (1,0 %), Cirebon (0,9 %), Chinesen (0,9 %), Gorontalo (0,8 %), Acehnesen (0,4 %) (wobei aufgrund des Krieges nur etwa die Hälfte der Bevölkerung des Bundesstaates Aceh erfasst wurde), Torajah (0,4 %)
Malaiische Völker stellen in Sumatra, Java, Sulawesi, Bali und durch Einwanderung mittlerweile auch in Kalimantan die Mehrheit. Dagegen leben im Osten vorwiegend zumeist Völker die aus Vermischung von malaiischen Einwanderern und der ursprünglichen melanesischen Bevölkerung hervorgegangen sind, während Neuguinea eine rein melanesische Bevölkerung hat.
Dazu kommen noch z.B. die Acehnesen, Toraja, Bajau, Wewewa, Bauzi, Lampung, Tengger, Osing (Ethnie), Badui, Gorontalo und viele andere Gruppen, die aber meist weniger als 1 % an der Gesamtbevölkerung stellen und Mischformen, wie etwa die auf Sumba lebenden Wewewa, die zur Hälfte malaiischer und melanesischer Herkunft sind. Außerdem leben noch vereinzelt polynesische Völker in dem Inselstaat.
Als bevölkerungsreichste Gruppe sind die Javaner in Indonesien die politisch dominierende Gruppe. Durch das umstrittene Projekt Transmigrasi wurde versucht, das Problem der Bevölkerungskonzentration auf der Insel Java (ca. 1000 Einwohner pro km²) zu lösen, was vor allem auf Borneo und Sulawesi zu schwerwiegenden Zusammenstößen mit der heimischen Bevölkerung führte.
Im indonesischen Teil von Neuguinea leben vorwiegend Melanesier.