Nach der Erlangung der Unabhängigkeit Indonesiens 1945 wurden viele Chinesen außer Landes gedrängt. Die Regierung verbannte Chinesen ohne indonesische Staatsbürgerschaft aus kleinen Orten und beraubte Zehntausende ihrer Lebensgrundlage. Präsident Sukarno wollte damit den Pribumi (den einheimischen Indonesiern) die Kontrolle über den Handel in den Dörfern verschaffen. Nach der Machtergreifung Suhartos und der Hetze und den Morden an mutmaßlichen Kommunisten (die Chinesen wurden oft grundlos beschuldigt, Kommunisten zu sein) zwischen 1965 und 1967 verkündete Suharto einen Präsidialerlass über "Die Politik zur Lösung des chinesischen Problems" und einen weiteren zu Religion, Glauben und chinesischen Gebräuchen.
Chinesischsprachige Schulen wurden geschlossen, Kulturvereinigungen wurden aufgelöst, der Verkauf chinesischsprachiger Bücher und Zeitschriften, sogar die Verwendung chinesischer Schriftzeichen in Kalendern, bei Firmenzeichen oder an Geschäften wurde verboten. Eine einzige staatlich kontrollierte chinesischsprachige Tageszeitung wurde erlaubt. Die Indonesierung chinesischer Namen wurde massiv vorangetrieben. Merkmale kultureller Identität wie z. B. die Feier des chinesischen Neujahrsfestes wurden verboten bzw. in private Haushalte verbannt. Die Ausweise vieler ethnischer Chinesen unterscheiden sich anhand eines speziellen Codes von denen der Pribumi. Im Februar 1998 räumte sogar ein Vertreter des indonesischen Verteidigungsministeriums ein, ethnische Chinesen sähen sich Schwierigkeiten ausgesetzt, wenn sie als Beamte oder beim Militär Karriere machen wollten, und würden zudem beim Zutritt zu staatlichen Universitäten benachteiligt.