Die indonesische Bevölkerung stammt ursprünglich von mongolisch-kaukasischen Völkern ab, die vor Beginn unserer Zeitrechnung in mehreren Einwanderungswellen ins Land kamen. Der Fund des Java-Menschen beweist, dass die Insel bereits vor ca. 1,8 Millionen Jahren besiedelt war.
Im ersten Jahrtausend nach Christus gewannen der Buddhismus und der Hinduismus Einfluss auf Indonesien und verschmolzen mit Glaubensvorstellungen der ursprünglichen Bauernkultur. Wegen der günstigen Lage an der Seehandelsroute von China nach Indien blühte der Handel und es entstanden mehrere Handelsreiche.
Das einflussreichste und bekannteste Königreich Srivijaya auf Sumatra bestand seit ca. 500 und übernahm bis ca. 700 die Herrschaft über ganz Sumatra und Java, Teile Borneos und die malaiische Halbinsel.
Ab dem 11. Jahrhundert begann das Reich zu zerfallen, unter anderem durch Angriffe der Chola-Könige, die unliebsame Handelskonkurrenz ausschalten wollten. Zwischen 1275 und 1290 übernahm schließlich der König von Singhasari die Herrschaft über den größten Teil Indonesiens.
Auf Java gewann ab 1293 das Reich von Majapahit an Bedeutung, das bald über die ehemaligen Gebiete von Srivijaya herrschte.
Ab dem 15. Jahrhundert besuchten immer mehr arabische Händler Indonesien und die Konvertierung zum Islam begann. Hinduismus und Buddhismus überleben bis heute nur auf den Inseln Bali (siehe beispielsweise: Besakih) und Lombok, wo sich eine indigene (mehrheitlich aber hinduistisch geprägte) Mischkultur herausbildet hat.
1487 umfuhr der Portugiese Bartolomeu Diaz erstmals das Kap der Guten Hoffnung und bereitete damit die Entdeckung des Seeweges nach Indien durch Vasco da Gama vor. In der Folge stießen die Europäer in den indonesischen Raum vor, um den bislang von Orientalen betriebenen Gewürzhandel zu übernehmen. Nach fast 100-jähriger portugiesischer Dominanz setzten sich um 1600 die Niederländer als Kolonialherren durch.