Viele Indonesier machten die chinesische Minderheit verantwortlich für die Wirtschaftskrise im Jahre 1998. Es kam zu Studentenprotesten an verschiedenen Universitäten Indonesiens. Als die Regierung am 5. Mai des Jahres die Preise für Benzin, öffentliche Verkehrsmittel und Strom erhöhte, schlossen sich auch andere Bevölkerungsgruppen den Protesten an. Mehr als 1000 Menschen randalierten in der Stadt Medan, setzten Fahrzeuge und Geschäfte von Chinesen in Brand, während die Läden von muslimischen Geschäftsleuten dagegen meist verschont blieben. Die Unruhen hielten drei Tage an. Mehr als 1000 Gebäude wurden zerstört.
Die Gewalt erreichte ihren Höhepunkt in den Tagen vom 12. bis zum 14. Mai 1998 in Jakarta. Wieder begannen die Ausschreitungen nach friedlichen Studentendemonstrationen. Das Militär duldete diese zunächst, solange sie auf dem Gelände der jeweiligen Universitäten verblieben. Am 12. Mai jedoch wurden vier Studenten bei friedlichen Protesten auf dem Campus der Universität Trisakti erschossen. Es wird vermutet, dass die Schützen Angehörige der Streitkräfte waren. Unmittelbar danach und bei der Trauerfeier am folgenden Tag kam es zu massiven Übergriffen. Innerhalb von drei Tagen wurden ganze Stadtteile Jakartas ausgeplündert. Geschäfte, Banken, Autos und Wohnhäuser fielen Brandanschlägen zum Opfer. Chinesische Stadtviertel waren besonders betroffen. Die staatliche indonesische Menschenrechtskommission Komnas HAM zog später folgende Bilanz: 1188 Todesopfer, 101 Verletzte sowie 40 Einkaufszentren, 2479 Geschäfte und 1604 Häuser, die geplündert und niedergebrannt wurden. 1119 Autos, 1026 Wohnungen und 382 Büros wurden demoliert oder angezündet. Die Toten gehörten dabei nur zu einem kleinen Teil der chinesischen Minderheit an. Viele andere waren Plünderer, die in den schon brennenden Häusern eingeschlossen wurden.
1998–1999: Nach der Entmachtung von General Suharto übernimmt Bacharuddin Jusuf Habibie (* 1936), bis dahin Vize-Präsident, das Amt des Staatspräsidenten.
19. April 1999 Bombenanschlag auf die mit 600 Gläubigen vollbesetzte Hauptmoschee in Jakarta (3 Verletzte); 20. Oktober: Abdurrahman Wahid (* 1940) wird erster frei gewählter Staatspräsident.
31. Oktober 1999: Die letzten indonesischen Soldaten verlassen Osttimor nachdem sie das Land in Schutt und Asche gelegt haben und eine internationale Friedenstruppe im September in Dili landete.
1. August 2000 Eine Bombe explodiert vor der Residenz des philippinischen Botschafters in Jakarta (2 Tote, 23 Verletzte); (13. September) In der Tiefgarage der Börse von Jakarta detoniert eine Autobombe (15 Tote, 27 Verletzte); (24. Dezember) 15 Bombenanschläge auf christliche Kirchen (16 Tote, mehr als 100 Verletzte).
1. Januar 2001: Irian Jaya erhält innere Autonomie.
Juli 2001: Megawati Sukarnoputri (* 1944), Tochter des Staatsgründers Sukarno, wird neue Staatspräsidentin; (23. September) In einem belebten Einkaufszentrum in Jakarta explodieren zwei Bomben (mehrere Verletzte)
20. Mai 2002: Osttimor erhält die Unabhängigkeit (República Democrática de Timor-Leste).
12. Oktober 2002: Islamistischer Terroranschlag auf der Touristeninsel Bali (202 Tote und mehr als 300 Verletzte).
18. Mai 2003: Verhängung des Kriegsrechts in der nach Unabhängigkeit strebenden Provinz Aceh (Atjeh) im äußersten Norden der Insel Sumatra – Großoffensive mit 40.000 Soldaten. Mehr als 1000 Menschen sterben, 20.000 sind auf der Flucht; (5. August) Ein Selbstmordattentäter sprengt sich vor dem Marriott-Hotel in Jakarta in die Luft (12 Tote, 150 Verletzte).
10. Januar 2004: In einem Café auf der Insel Palopo explodiert eine Bombe (vier Tote); Abschaffung der indirekten Wahl des Staatspräsidenten; (5. Juli) Erstmals direkte Präsidentschaftswahlen, bei der kein Kandidat die erforderliche absolute Mehrheit erreicht; (9. September) ein Bombenanschlag auf die australische Botschaft in Hauptstadt Jakarta forderte 11 Tote und über 150 Verletzte; (20. September) Der Herausforderer und frühere General Susilo Bambang Yudhoyono siegt in der Stichwahl gegen die bisherige Amtsinhaberin Megawati Sukarnoputri.
26. Dezember 2004: Bei einem Seebeben westlich vor der Insel Sumatra werden (neben zehntausenden Menschen in anderen Ländern) auch über 200.000 Einwohner Indonesiens getötet (Stand: Mitte März 2005).
1. Oktober 2005: Erneut Terroranschlag auf Bali: Im Abstand weniger Minuten explodieren gegen 19 Uhr Ortszeit 3 Bomben in Jimbaran und Kuta. Bei den Explosionen kommen 23 Menschen ums Leben, einschließlich dreier Selbstmordattentäter.