Seit 2004 wird der Präsident direkt vom Volk gewählt. Erster direkt gewählter Präsident wurde der frühere General Susilo Bambang Yudhoyono. Der ehemalige Sicherheitsminister erhielt bei der Stichwahl am 20. September 2004 fast 61 Prozent der Stimmen. Er löst damit die bisherige Staatschefin Megawati Sukarnoputri ab, die nur auf gut 39 Prozent kam. Schon beim ersten Wahlgang am 5. Juli 2004 hatte der Ex-General die meisten Stimmen erzielt, die absolute Mehrheit aber verfehlt. Deshalb war eine Stichwahl gegen die zweitplatzierte Megawati nötig geworden. Die Tochter von Republikgründer Sukarno war im Sommer 2001 an die Staatsspitze gerückt, nachdem ihr Vorgänger Abdurrahman Wahid aus dem Amt gedrängt worden war.